相关申请的交叉引用
[0001]本发明要求2007年5月22日提交的美国临时专利申请系 列号NO.60/931,411的优先权，通过引用将其合并在此。政府利益
[0002]本发明是在国家卫生研究所拨款NO.GM068061给予的美 国政府政府支持下作出的。在本发明中美国政府拥有某些权利。发明领域
[0003]本发明一般地涉及新的抗微生物化合物的筛选的领域。背景
[0004]细菌的抗生素抗性菌株以及新出现的细菌性病原体构成 了对世界卫生的不断增长的威胁，对抗这些威胁所必需的抗生素的开 发在近几十年显著地减慢了，使得人群对这些风险更易受攻击(Katzet al.，2006，Nat.Biotech.24：1529-1531；Payneetal.，2007，Nat.Rev. DrugDiscovery6：29-40)。大多数新近开发的抗生素仅仅靶向前几代 抗生素早先利用的证实的易受攻击途径之一。虽然这些药物是有效 的，对它们的抗性以惊人的速度提升，表明了对靶向其他细菌分子或 细胞代谢过程的抗生素的需求。
[0005]细菌中的单链DNA结合蛋白(SSB)与至少一打其他的 DNA复制、DNA重组和DNA修复蛋白质形成必需的分子间复合物 (MolineuxandGefter，1975，J.Mol.Biol.98：811-825；Butlandetal.， 2005，Nature433：531-537)。此外，SSB蛋白质通过它们与许多不 同的基因组维护蛋白质的相互作用起到重要的组织作用。如果不是全 部的，这些相互作用中的几种已知由来自SSB的羧基最末端8-10个 残基介导，其形成了在细菌SSB之中高度保守的、但在真核SSB中 不存在的肽序列(Sandigurskyetal.，1996，RadiationRes.145： 619-623；Curthetal.，1996，NucleicAcidsRes.24：2706-2711；Genschel etal.，2000，Biol.Chem.381：183-192)。早先的研究显示了，在来 自SSB的这种相互作用序列内的突变或它的删除，对细菌生存力具有 强力的效果，表明与这个位点的适当的蛋白质相互作用的形成对于细 菌生长是关键的。
[0006]SSB是在所有生命形式中存在的保守的蛋白质家族，在 DNA新陈代谢的几乎所有方面起到各种关键作用。SSB结合并保护敏 感的单链DNA(ssDNA)中间物，其在DNA复制、重组和修复期间 产生。SSB将基因组维护蛋白质募集到ssDNA，在ssDNA降解、复 制起始、同源重组起始、超卷曲DNA的松弛以及许多其他基因组维 护过程中起到工具性调节作用。SSB删除已经显示了是致死的，由于 所有已知的SSB在细胞中起到相似的作用，发现抑制细菌SSB的化 合物将可能对真核细胞具有类似的影响。简要概述
[0007]已经发现的是，涉及SSB的接口(interface)可能作为靶 点来产生有前途的新的抗微生物化合物类别。提供了方法，包括使包 含原核单链DNA结合蛋白的多肽、结合原核单链DNA结合蛋白的多 肽以及候选化合物反应，分析所述包含原核单链DNA结合蛋白的多 肽与所述结合原核单链DNA结合蛋白的多肽的结合，其中，相对于 不存在所述候选化合物的情况下所述包含原核单链DNA结合蛋白的 多肽与所述结合原核单链DNA结合蛋白的多肽的结合，在结合方面 的降低将所述候选化合物鉴定为抗微生物化合物。在所述方法的实践 中，所述包含原核单链DNA结合蛋白的多肽可以包括羧基尾部，其 至少90％相同于具有SEQIDNO：2的氨基酸序列的多肽的羧基尾部， 或至少90％相同于具有SEQIDNO：2的氨基酸序列的多肽的羧基尾 部，所述羧基尾部具有1到4个保守性氨基酸替换。所述包含原核单 链DNA结合蛋白多肽的多肽可以包括羧基尾部，所述羧基尾部包含 氨基酸序列Asp-Ile-Pro-Phe(SEQIDNO：5)、或具有1到2个保守 性氨基酸替换的氨基酸序列Asp-Ile-Pro-Phe(SEQIDNO：5)。
[0008]在所述方法的实践中，所述结合原核单链DNA结合蛋白 的多肽可以包括核酸外切酶、DNA聚合酶亚基、引发酶(primase)、 解旋酶、拓扑异构酶、DNA修复酶，等等。在一个实例中，所述结合 原核单链DNA结合蛋白的多肽包括核酸外切酶I。所述结合原核单链 DNA结合蛋白的多肽可以至少90％相同于SEQIDNO：4的氨基酸序 列。所述方法可以包括分析，所述分析包含测量荧光偏振。
[0009]提供了抑制SSB结合蛋白与原核SSB的C-末端尾部结合 的方法。所述方法包括使如上所述鉴定的抗微生物化合物与SSB结合 蛋白和与原核SSB的C-末端尾部接触，其中所述抗微生物化合物抑 制所述原核SSB与所述SSB结合蛋白的结合。所述SSB结合蛋白可 以是核酸外切酶，在某些实施方式中所述SSB结合蛋白可以是原核核 酸外切酶I。
[0010]提供了抑制微生物生长的方法，其包括使如上所述鉴定的 抗微生物化合物与所述微生物接触，从而抑制所述微生物的生长。
[0011]提供了与原核SSB的C-末端尾部结合的原核核酸外切酶I 的晶体结构的三维模型。在一个实施方式中，所述模型基本上代表了 在蛋白质数据库(ProteinDataBank)中登记号代码3C94中所指定的 原子坐标。提供了方法，其包括：a)利用与原核单链DNA结合蛋白 的C-末端尾部结合的核酸外切酶I的晶体结构的三维模型鉴定候选化 合物，其中所述模型基本上代表蛋白质数据库中登记号3C94中所指 定的原子坐标；b)使所述候选化合物与包含原核单链DNA结合蛋白 的多肽和与结合原核单链DNA结合蛋白的多肽接触；和c)分析所述 包含原核单链DNA结合蛋白的多肽与所述结合原核单链DNA结合蛋 白的多肽的结合；其中相对于不存在所述候选化合物的情况下所述包 含原核单链DNA结合蛋白的多肽与所述结合原核单链DNA结合蛋白 的多肽的结合，在结合方面的降低将所述候选化合物鉴定为抗微生物 化合物。所述接触可以在溶液中进行。做为选择，所述接触可以在计 算机芯片上(insilico)模拟。所述方法还可以包括步骤(d)向受试 者施用所述鉴定的抗微生物化合物来测定所述化合物是否降低所述 受试者中的微生物生长。提供了通过这些方法鉴定的化合物。还提供 了抗微生物药物组合物，其包括通过这些方法鉴定的化合物作为活性 试剂。
[0012]提供了抑制原核核酸外切酶I与原核SSB的C-末端尾部 的结合的方法，其包括：a)利用与原核SSB的C-末端尾部结合的原 核核酸外切酶I的晶体结构的三维模型设计候选化合物，其中所述模 型基本上代表了蛋白质数据库中登记号3C94中所指定的原子坐标； 和b)使所述候选化合物与所述核酸外切酶I和与所述原核SSB接触， 其中所述候选化合物抑制所述原核核酸外切酶I与所述原核SSB的结 合。所述接触可以在溶液中进行。做为选择，所述接触可以在计算机 芯片上(insilico)模拟。
[0013]提供了与根据本发明鉴定的化合物结合的、原核核酸外切 酶I的晶体结构的三维模型。例如，提供了与化合物9结合的、原核 核酸外切酶I的晶体结构的三维模型，其中所述模型基本上代表了表 6中指定的原子坐标。同样，提供了与化合物10结合的、原核核酸外 切酶I的晶体结构的三维模型，其中所述模型基本上代表了表7中指 定的原子坐标。提供了方法，其包括：a)利用与化合物9或化合物 10结合的核酸外切酶I的晶体结构的三维模型鉴定候选化合物，其中 所述模型基本上分别代表表7和8中所指定的原子坐标；b)使所述 候选化合物与包含原核单链DNA结合蛋白的多肽和与结合原核单链 DNA结合蛋白的多肽接触；和c)分析所述包含原核单链DNA结合 蛋白的多肽与所述结合原核单链DNA结合蛋白的多肽的结合；其中， 相对于不存在所述候选化合物的情况下所述包含原核单链DNA结合 蛋白的多肽与所述结合原核单链DNA结合蛋白的多肽的结合，在结 合方面的降低将所述候选化合物鉴定为抗微生物化合物。所述接触可 以在溶液中进行。做为选择，所述接触可以在计算机芯片上(insilico) 模拟。所述方法还可以包括步骤(d)向受试者施用所述鉴定的抗微 生物化合物来测定所述化合物是否降低所述受试者中的微生物生长。 提供了通过这些方法鉴定的化合物。还提供了抗微生物药物组合物， 其包括通过这些方法鉴定的化合物作为活性试剂。
[0014]提供了抑制微生物生长的方法，其包括使在此描述的抗微 生物化合物与所述微生物接触，从而抑制所述微生物的生长。
[0015]提供了抗微生物药物组合物，其包含如在此描述所鉴定的 抗微生物化合物作为活性试剂。还提供的是治疗患有微生物感染的受 试者的方法，其包括向所述受试者施用治疗有效量的这些新药物组合 物的步骤。附图的简要描述
[0016]附图1是显示抑制物3的肽结合抑制作用的图。
[0017]附图2是显示抑制物9的肽结合抑制作用的图。
[0018]附图3是显示抑制物10的肽结合抑制作用的图。
[0019]附图4是显示抑制物32的肽结合抑制作用的图。
[0020]附图5是显示抑制物37的肽结合抑制作用的图。
[0021]附图6是显示抑制物46的肽结合抑制作用对比抑制物31 的肽结合抑制作用的图。
[0022]附图7是显示WT肽的肽结合抑制作用的图。
[0023]附图8是显示抑制物3的大肠杆菌4213生长的抑制作用 的图。
[0024]附图9是显示抑制物8的大肠杆菌4213生长的抑制作用 的图。
[0025]附图10是显示抑制物9的大肠杆菌4213生长的抑制作用 的图。
[0026]附图11是显示抑制物10的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0027]附图12是显示抑制物28的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0028]附图13是显示抑制物29的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0029]附图14是显示抑制物31的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0030]附图15是显示抑制物32的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0031]附图16是显示抑制物37的大肠杆菌4213生长的抑制作 用的图。
[0032]附图17是显示抑制物3的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0033]附图18是显示抑制物8的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0034]附图19是显示抑制物9的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0035]附图20是显示抑制物10的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0036]附图21是显示抑制物32的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0037]附图22是显示抑制物37的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0038]附图23是显示抑制物42的金黄葡萄球菌生长的抑制作用 的图。
[0039]附图24是显示在不存在和存在各种抑制物的情况下拓扑 异构酶III肽结合的图。
[0040]附图25说明了大肠杆菌ExoI/SSB-Ct复合物的结构。
[0041]附图26说明了平衡结合突出了肽-A-结合位点和碱性脊在 SSB-Ct结合中的作用。
[0042]附图27说明了ExoI/SSB物理相互作用对ExoI活性的SSB 刺激是如何重要。
[0043]附图28是显示SSB-Ct肽A和B的Fo-Fc省略电子密度 图的立体图。
[0044]附图29说明了来自与SSB-Ct肽A缔合的ExoI螺旋结构 域的两个谷氨酰胺残基的结晶缔合性。
[0045]附图30说明了ExoISSB-Ct结合位点(A)与大肠杆菌 RecQ翼侧螺旋结构域(B)的表面上的位点的相似性。当前优选实施方式的详细说明
[0046]提供了用于抗生素开发的新的和可选择的靶点。本发明的 化合物和分析可以用于分子的鉴定，所述分子选择性地抑制SSB和它 的目标蛋白质之间的相互作用。这样的分子可以用作新的广谱抗生 素。做为选择，这样的分子可以被化学地修饰，即，它们可以用作起 始点用于新的广谱抗生素的开发。本发明的组合物在抑制微生物生长 的方法中得到应用。它们作为消毒剂得到应用。它们作为可用于药物 组合物的活性试剂得到应用，它们也可以在治疗患有微生物感染的受 试者的方法中得到应用。术语“受试者”意图包括患者、正常的志愿 者、非人类哺乳动物例如灵长类以及其他动物。
[0047]在一个方面，本发明涉及新的抗微生物化合物和鉴定所述 抗微生物化合物的方法。“抗微生物剂”是一种杀死或抑制微生物如 细菌(抗细菌活性)、真菌(抗真菌活性)、病毒(抗病毒活性)或 寄生虫(抗寄生虫活性)的生长的物质。“抗生素”是一种一般地用 于治疗细菌感染的抗微生物物质。
[0048]本发明特别适合鉴定可以抑制细菌生长的、小分子形式的 抗微生物化合物。在某些实例中，利用本发明的化合物被抑制生长的 细菌是革兰氏阴性细菌，例如大肠杆菌(Escherichiacoli)。在其他实施 例中，利用本发明的化合物被抑制生长的细菌是革兰氏阳性细菌，例 如，金黄葡萄球菌(Staphylococcusaureus)。本发明可以实践于不被 必然地分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌，例如，耐放射微球菌 (Deinococcusradiodurans)和分枝杆菌(Mycobacteria)如结核分枝 杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)，以及实践于具有在此描述的保 守的C末端残基的任何其他细菌。
[0049]在一个实施方式中，本发明提供了化合物的鉴定，所述化 合物抑制由单链DNA结合蛋白的高度保守的C-末端尾部介导的蛋白 质复合物形成，这可以产生新的化学治疗类型。术语“SSB”是指单 链DNA结合蛋白。在本发明的某些实施方式中，大肠杆菌SSB具有 SEQIDNO：1的核苷酸序列，并具有SEQIDNO：2的氨基酸序列。
[0050]本发明的原核SSB包括作为SEQIDNO：2的多态性变体、 突变体和种间同系物的多肽。本发明的原核SSB还包括SEQIDNO： 2的功能等效物或片段。本发明的多肽的“功能片段”或“功能等效 物”或“功能同系物”是一种多肽，其与指定的多肽同源但具有与所 述指定多肽的一个或更多个氨基酸差异。多肽的功能片段或等效物保 持了所述指定多肽的如果不是全部、至少一些的活性。
[0051]在此使用的术语“基因组维护(genomemaintenance)” 是指基因组结构和完整性的维护。蛋白质如单链DNA结合蛋白(SSB) 可能涉及基因组维护。
[0052]蛋白质或多肽的“羧基尾部(carboxytail)”(也称为羧 基尾部(carboxy-tail)、羧基末端(carboxyl-terminus)、羧基末端 (carboxy-terminus)、C-末端(C-terminalend)、C-末端(C-terminus) 或COOH-末端(COOH-terminus))是由游离羧基(-COOH)结尾的氨 基酸链的末端。对于本发明目的来说，蛋白质的C-末端包括蛋白质 C-末端的约10-20个氨基酸。SSB的C-末端在此也称为SSB-Ct。
[0053]典型的原核SSB是由四个相同的亚基组成的同四聚体，每 个单体单元由寡核苷酸/低聚糖结合(OB)折叠和随后的无序C-末端 尾部组成。在细菌中C-末端尾部的最后十个氨基酸是非常高度地保守 的，对于大肠杆菌的存活是必不可少的，而值得注意地是它们在真核 和线粒体SSB中是不存在的。大肠杆菌SSB的C-末端尾部是SSB和 许多的、如果不是所有的其功能性配偶体包括拓扑异构酶III、PriA DNA解旋酶、DNA聚合酶III的Chi亚基、RecQDNA解旋酶和核酸 外切酶I之间的主要的相互作用位点。SSB的C-末端尾部的除去对 SSB的DNA结合能力具有很少的影响，但是尽管如此它对大肠杆菌 是致死的。
[0054]提供了鉴定化合物的方法，所述化合物抑制由SSB的C- 末端尾部介导的蛋白质-蛋白质相互作用。本发明还提供了利用这些方 法鉴定的化合物，所述化合物可以抑制由SSB的C-末端尾部介导的 蛋白质-蛋白质相互作用。这些化合物可以通过破坏原核生物中特别是 细菌中基因组维护蛋白质复合物的形成来充当广谱抗生素。这些化合 物对于真核基因组维护复合物是无害的，因为真核RPA(复制蛋白A) 不含有类似的C-末端尾部，可能利用不同的方法来募集结合配偶体。来自不同原核生物的SSB尾部的比对
[0055]大约280种原核SSB的羧基尾部的比对在表1中示出，其 显示了包含原核SSB的羧基尾部的大约十个氨基酸残基的保守性。特 别是，大约280种原核SSB的C-末端20个残基的比对显示了，四个 极C-末端残基(DIPF，即Asp-Ile-Pro-Phe；也在SEQIDNO：5中示 出)是这些原核SSB的羧基尾部中最高度保守的残基(表1)。这些 来自原核SSB的羧基尾部的最后的C末端残基看起来对于蛋白质的 结合是最重要的。
[0056]本发明预期具有表1所示的羧基尾部的多肽的用途。本发 明预期具有与表1所示羧基尾部同源的羧基尾部的多肽的用途。举例 来说，其他有用的多肽可能具有如表1中所指示的、具有包含一个或 更多个保守性氨基酸替换的氨基酸序列的羧基尾部。表1.已知的原核SSB的羧基尾部(C-末端)的比对
脱硫脱硫弧菌(Desulfovibrio_desulfuricans)----FDDLGPAFPSEVSGMDDVPF
普通脱硫弧菌(Desulfovibrio_vulgaris)·--------DDDLGPAFPSEASGMDDVPF
Lawsonia_intracellularis----------GFEDISP-FPSEASGMDDVPF
Deinococcus_geothermalis-----------GLDIDQGLDDFPPEEEDLPF
耐放射微球菌(Deinococcus_radiodurans)-------GLDIDQGLDDFPPEEDDLPF
嗜热栖热菌(Thermus_thermophilus)----------GGVDIDEGLEDFPPEE-DLPF
肺炎链球菌(Streptococcus_pneumoniae)--------ENNAGQDLADLVLEEEELPF
Caldicellulosiruptor_saccharol-----DIGTSSKLDLDENPEDDLPF
酿脓链球菌(Streptococcus_pyogenes)----------NTSSLADSMPDYGPEPDLPF
多形拟杆菌(Bacteroides_thetaiotaomicron)-----QAQPSQAQPIQDNPADDLPF
脆弱拟杆菌(Bacteroides_fragilis)·-----------SQQPQQPVSSQDNSADDLPF
Gramella_forsetii------------------NFANKNEFYSQDEEEDDLPF
大肠杆菌(Escherichia_coli)_K12---------SAPAAPSNEPPMD---FDDDIPF
痢疾志贺氏菌(Shigella_dysenteriae)_Sd197--SAPAAPSNEPPMD---FDDDIPF
弗氏志贺氏菌(Shigella_flexneri)---------SAPAAPSNEPPMD---FDDDIPF
索氏志贺氏菌(Shigella_sonnei)_Ss046-----SAPAAPSNEPPMD---FDDDIPF
鲍氏志贺氏菌(Shigella_boydii)_Sb227-----SAPAAPSNEPPMD---FDDDIPF
流感嗜血杆菌(Haemophilus_influenzae)·------QQAAPQAEPPMDG--FDDDIPF
Pseudoalteromonas_atlantica-----QNKPAPMAEPDFD---FDDDIPF
Mannheimia_succiniciproducens----TRPAPAAEPAMDN--FDDDIPF
Pasteurellamult-------------------PAPQNEPPMDMGFEEDNIPF
肠沙门氏菌(Salmonella_enterica)·--------QSAPAPSNEPPMD---FDDDIPF
鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella_typhimurium)·---QSAPAPSNEPPMD---FDDDIPF
Sodalisglossinidius------------NSAPAPSNEPPMD---FDDDIPF
胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwinia_carotovora)----NNAPAQSNEPPMD---FDDDIPF
嗜水气单胞菌(Aeromonas_hydrophila)-------QSAPPVYNEPPMD---FDDDIPF
杀鲑气单胞菌(Aeromonas_salmonicida)------QSAPPVYNEPPMD---FDDDIPF
副溶血弧菌(Vibrio_parahaemolyticus)------QQPQQQYNEPPMD---FDDDIPF
Photobacterium_profundum--------QQPQQQYNEPPMD---FDDDIPF
霍乱弧菌(Vibrio_cholerae)-------------QYSQPQYNEPPMD---FDDDIPF
创伤弧菌(Vibrio_vulnificus)·-----------MQSQPQYNEPPMD---FDDDIPF
费氏弧菌(Vibriofischeri)-------------QAAQPQYNEPPMD---FDDDIPF
Psvchromonasingrahamii---------QPTQTQYNEPSMD---FDDDIPF
小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia_enterocolitica)----AAQPQGGNEPPMD---FDDDIPF
Shewanella_oneidensis-------------QPQQNFTPDLDDG-WDDDIPF
Shewanella_loihica----------------QPQQNFTPDLDDG-WDDDIPF
腐败交替单胞菌(Shewanella_putrefaciens)-----QPQQNFTPDLDDG-WDDDIPF
Shewanella_baltica----------------QPQQNFTPDLDDG-WDDDIPF
Shewanellaamazonensis------------PQQQNYTPDLDDG-WDDDIPF
野油菜黄单胞菌(Xanthom*onas_campestris)---PAQQQSAPPMDDF-ADDDIPF
地毯草黄单胞菌(Xanthom*onas_axonopodis)---PAQQQSAPPMDDF-ADDDIPF
稻白叶桔病黄单胞菌(Xanthom*onas_oryzae)---PAQQQSVPPMDDF-ADDDIPF
苛求木杆菌_(Xylella_fastidiosa)---------QSPQSSPPPMDDF-ADDDIPF
Hahella_chejuensis----------------QQPKPPMPEPMDD-FDDDIPF
Marinobacter_aquaeolei------------QQQGGGMPEPIDD-FDDDIPF
Alcanivorax_borkumensis---------TNQGGGFSGPADD---FDDDIPF
Magnetococcus_MC-1-------------FSSPADTFN-EGPD---FDDDIPF
Geobacter_metallireducens-------FGGGPAYDEPAFN---PDDDIPF
Geobacter_sulfurreducens-------GFGG-PSYDEPAFN---PDDDIPF
Pelobacter_carbinolicus---------QPQQNQYEEPPFN---PDDDIPF
Syntrophobacter_fumaroxidans----SRADELPPHPGGG---PDDDIPF
博氏钩端螺旋体(Leptospira_borgpetersenii)----SSSPESYNPPAPD---GDDDIPF
蚜虫巴克纳氏菌(Buchnera_aphidicola)------PKKIEKIDSSEIDFDDEIPF
伯氏立克次氏体(Coxiella_burnetii)--------QTPTAGDDSSVADFDDDIPF
发光光杆状菌(Photorhabdus_luminescens)----SSVPPRGSEPPIDFDELIPF
Nitrosococcus_oceani-------------PRPSAPPSSSND--DFEDDIPF
Colwellia_psychrerythraea----------QAPKVNPQEPSIDFDDDIPF
Pseudoalteromonas_haloplanktis-----QGGASNPMEPTIDFDDDIPF
Wigglesworthia_glossinidia---------KESKKNKIEEEINFDDDIPF
Pseudomonas_entomophila------------QQPAPQPAADFDSFDDDIPF
恶臭假单胞菌(Pseudomonas_putida)--------QQPAPQPAADFDSFDDDIPF
丁香假单胞菌(Pseudomonas_syringae)-------QQQAPQPAADFDSFDDDIPF
荧光假单胞菌(Pseudomonas_fluorescens)----QQAAPQPAPDFDSFDDDIPF
铜绿假单胞菌(Pseudomonas_aeruginosa)-----QQPAPQPAQDYDSFDDDIPF
施氏假单胞菌(Pseudomonas_stutzeri)------PAARQQPAPDYDSFDDDIPF
门多萨假单胞菌(Pseudomonas_mendocina)----APQQAQPAPDYDSFDDDIPF
Saccharophagus_degradans-----------PAPAAPPAPDMDSFDDDIPF
Methylibium_petroleiphilum---------RQQARQPATAGDGFDDEIPF
泉生硫微螺菌(Thiomicrospira_crunogena)·---PAQQVPAYTANDFDDDDVPF
Solibacter_usitatus---------------APAQHNDDFNQG-ITDDDVPF
Idiomarina_loihiensis-------------KPAEPAPFSPDNDF-DDDIPF
伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)_383------SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia_cepacia)--SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
类鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia_pseudomallei)·--SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia_mallei)---SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
Burkholderia_cenocepacia-----------SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
Burkholderiaxenovorans------------SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
越南伯克霍尔德氏菌(Burkholderia_vietnamiensis)---SRPSAPAGGGFDEMDDDIPF
燕麦噬酸菌(Acidovorax_avenae)-----------AAQAPRAASGFDDMDDDIPF
Verminephrobacter_eiseniae---------AAPGPRAASGFDDMDDDIPF
Polaromonas_JS666------------------APAPTKAASGFDDMDDDIPF
Rhodoferax_ferrireducens-----------APAQAKPSSGFDDMDDDIPF
脱氮硫杆菌(Thiobacillus_denitrificans)---AGSQRPASSGFDDMDDDIPF
Polaromonas_naphthalenivorans------PAASRASPSGFDDMDDDIPF
Nitrosomonas_eutropha--------------KTGTTGSSTGFDDMEDDIPF
欧洲亚硝化单胞菌(Nitrosomonas_europaea)---STPPAKSNTGFDDMEDDIPF
Nitrosospiramultiformis-----------GRAPARSSTGFDDMDDDIPF
固氮弧菌属(Azoarcus)_EbN1-------------KAPTKSSGAGFGDFDDDIPF
Methylobacillusflagellatus--------AASKPAGGSNFDDFEDDIPF
深红红螺菌(Rhodospirillum_rubrum)-----TAPASGPAGGP--VDMDDDIPF
Ralstonia_eutropha----------------RRQQQAPSNGF-EDMDDDIPF
Ralstonia_solanacearum------------ARRQQAPSNGF-EDMDDDIPF
根癌农杆菌(Agrobacterium_tumefaciens)----RGGGQPSGGFSNDMDDDIPF
淋病奈瑟氏球菌(Neisseria_gonorrhoeae)----RRQPVPAAAPVEDIDDDIPF
脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria_meningitidis)--RRQPVPAAAPVEDIDDDIPF
Herminiimonas_arsenicoxydans-------RPAAKPAASNFNDMDDDIPF
汉堡硝化杆菌(Nitrobacter_hamburgensis)---PRRTVAAGARRSDMDDDIPF
维氏硝化杆菌(Nitrobacter_winogradskyi)---PRRAAPASSHRGDMDDDIPF
副百日咳包特氏菌(Bordetella_parapertussis)-------PAPQAAPAANLADMDDDIPF
百日咳包特氏菌(Bordetella_pertussis)-----PAPQAAPAANLADMDDDIPF
支气管败血性包特氏菌(Bordetella_bronchiseptica)----PAPQAAPAANLADMDDDIPF
多核杆菌属(Polynucleobacter)_QLW-PIDMWA-1------SAPSASNAASLGAMDDDIPF
Acidobacteria_bacterium------------NDFDSAPAASTGITDDDIPF
Candidatus_pelagibacter-----------ANNFEDSPQTSN-DMDDEIPF
Psychrobacter_arcticus-------------PAQSKPTAMLDGPVDDDIPF
Psychrobacter_cryohalolentis-------PAQSKPTAMPDGPVDDDIPF
杜克莱氏嗜血菌(Haemophilus_ducreyi)------NKSSKKSTTQQPEVDDDIPF
Dechloromonas_aromatica------------APPKNKPKPSFDDLGDDIPF
Neorickettsia_sennetsu-----------DLGTPTNHVNDTLDD--DDIPF
Baumannia_cicadellinicola----------NKIQDMGNEQPIEFDDEIPF
食菌蛭弧菌(Bdellovibrio_bacteriovorus)·---FNFQDFGPEPSFNSNDEIPF
Chromohalobacter_salexigens--------DNYGAPNPGNFDDFDDEIPF
节瘤偶蹄形菌(Dichelobacter_nodosus)·---SSPDYGP--DGAFDDPDDEIPF
Aquifex_aeolicus-------------------EKLGKEEEKPFTDEEDEIPF
海王生丝单胞菌(Hyphom*onas_neptunium)----QQMSGPKESFS-QDLDDEIPF
新月柄杆菌(Caulobacter_crescentus)------SQPSGPRESFS-ADLDDEIPF
Maricaulis_maris-------------------SMDGPKEDFRNADLDDEIPF
Rickettsia_felis-------------------HPEAKNHSFDHSDLDDEIPF
康诺尔氏立克次氏体(Rickettsia_conorii)----HPETKNHSFDHSDLDDEIPF
地方性斑疹伤寒立克次氏体(Rickettsia_typhi)--------YPEIKNHSFDHSDLDDEIPF
普氏立克次氏体(Rickettsia_prowazekii)·----YPETKNHSFDHSDLDDEIPF
Rickettsia_bellii------------------EYKHSKPSFDHSDLDDEIPF
Halorhodospira_halophila-----------GSGGGGMQEAPADFDDDIPF
脱氮副球菌(Paracoccus_denitrificans)-----SGGGGGQSQSRPDFDDDIPF
Rhodopseudomonas_palustris---------RPMPASSGGGRSDMDDDIPF
大豆根瘤杆菌(Bradyrhizobium_japonicum)---RAVAAGGGGRNSDMDDDIPF
Granulibacter_bethesdensis--------SGGSGWEPSHGG-DLDDEIPF
类球红细菌(Rhodobacter_sphaeroides)-----RGNAPSGGGRRS-DLDDEIPF
Silicibacter_nomeroyi-------------GGGRGRGPASGG-IDDDEIPF
反硝化玫瑰杆菌(Roseobacter_denitrificans)-------GGGNAPSPAPSR-DLDDEIPF
Magnetospirillum_magneticum-------GGGGGQSWEPPA-DLDDEIPF
Mesorhizobium_BNC1----------------PAESGGGGGHSR-DLDDEIPF
Mesorhizobium_loti----------------APRGGGGGGSSR-ELDDEIPF
马尔他布鲁氏菌(Brucella_melitensis)-----GPSSGSSGGFSR-DLDDEIPF
猪布鲁氏菌(Brucella_suis)-------------GPSSGSSGGFSR-DLDDEIPF
流产布鲁氏菌(Brucella_abortus)---------GPSSGSSGGFSR-DLDDEIPF
Jannaschia_CCS1--------------------SGGGYGGGGGSSDLDDEIPF
Silicibacter_TM1040---------------NRGGGYGSGSQSID-DDEIPF
Novosphingobium_aromaticivoran----NQGGGSGGGFGD-DLDDDIPF
黄色粘球菌(Myxococcus_xanthus)------PPDDMGGGHGGGNGD----DDIPF
海滨赤细菌(Erythrobacter_litoralis)----GGSGGGGGSNYD-DLDDDIPF
Anaeromyxobacter_dehalogenans-----GPGFGSGGGAGG-GGPDDIPF
Desulfotomaculum_reducens--------SGSGSGFGSEISF-NG-DDIPF
Sphingopyxis_alaskensis----------GAPGGGR--PPFDDDLDDDVPF
Pelobacter_propionicus----------AGTSGGGYEPPPFQD---DDIPF
氧化葡糖杆菌(Gluconobacter_oxydans)--------GSNGGWDAPPDND-LDDEIPF
五日热巴尔通氏体(Bartonella_quintana)·-------QNNSQSEESFSHKLDDDVPF
汉氏巴尔通氏体(Bartonella_henselae)---------SNNSQLGESFSHKLDDDVPF
杆状巴尔通氏体(Bartonella_bacilliformis)-----QNNNQSGGSFSHQLDDDVPF
菜豆根瘤菌(Rhizobium_etli)----------------SSNRGGGGNFSRDLDDDIPF
豌豆根瘤菌(Rhizobiuu_leguminosarum)·--------SRGGGGGGNFSRDLDDDIPF
Sinorhizobium_meliloti-------------SNQPNQGGNFSRDLDDDIPF
Desulfitobacterium_hafniense-------HTASGEAYGHEMSLDDDIPF
Shewanella_denitrificans-----------KSHLVDSTSKIDFDDEDIPF
Candidatus_blochmannia-------------NNHELNSESIVNFNEDDIPF
Wolbachia_endosymbiont-------------QYENFDSEVKEELIDDEIPF
Tropheryma_whipplei----------------KVLVGDNVSYEDFDSDEVPF
恰菲埃里希氏体(Ehrlichia_chaffeensis)-------KENSLNSSCDDIIIDDEIPF
犬埃里希氏体(Ehrlichia_canis)-------------KENFQDSSCDDIIIDDEIPF
Ehrlichia_ruminantium--------------NKMPFQNSCEDVIIDDEIPF
Helicobacter_acinonychis-----------PSKYQNSVPEINIDEEEIPF
幽门螺杆菌(Helicobacter_pylori)-----------PSKYQNSVPEINIDEEEIPF
反硝化硫微螺菌(Thiomicrospira_denitrificans)--QMPSNSSIPEIDIDEDEIPF
产琥珀酸沃廉氏菌(Wolinella_succinogenes)-----APYKEPQIPEINIDDDEIPF
肝螺杆菌(Helicobacter_hepaticus)·----------TGNYPQNIPEINIDDEDIPF
胚胎弯曲杆菌(Campylobacter_fetus)----------RQNKPKQNIDVNIDDEEIPF
Dehalococcoides_ethenogenes-----MDARDDDNGGGELEP---DIPF
Dehalococcoides_CBDBl-----------IDAREDDNGGGELEP---EDIPF
Symbiobacterium_thermonhilum-------RREDGMGSELTLGDDEDVPF
诺维氏梭状芽孢杆菌(Clostridium_novyi)-------IFDQGYDEEITPIDDGDIPF
醋酪酸梭状芽孢杆菌(Clostridium_acetobutylicum)-----DFGVPVQEDITPVDNSDIPF
产气荚膜梭状芽孢杆菌(Clostridium_perfringens)--DSSFNSNDDMTPIDDGDIPF
破伤风梭状芽孢杆菌(Clostridium_tetani)-------NNEDNYNDDITPVDEGEVPF
阿氏疏螺旋体(Borrelia_afzelii)------------EDVIKDIDIVDDKFNEDIPF
布氏疏螺旋体(Borrelia_burgdorferi)----------EDVVKDIDIVDDKFSEDIPF
嘎氏疏螺旋体(Borrelia_garinii)-------------EDAIKNIDIVDDKFNEDIPF
沃氏共养单胞菌(Syntrophom*onas_wolfei)-------EVNMDNIDLVDQHEDEDIPF
边缘无形体(Anaplasma_marginale)------------ENAIVEEVSFADEDMDEIPF
Anaplasma_phagocytophilum----------AGSFGGGVDFLDPDVDEIPF
苍白密螺旋体(Treponema_pallidum)-----------ATSSLDEADFSSSDLDTVPF
Rubrobacter_xylanophilus-----------GRGAGDEVDINESDFDDIPF
齿垢密螺旋体(Treponema_denticola)----------PSYDDYQPDMGNSDLDNIPF
穿透枝原体(Mycoplasma_penetrans)-----------DDEDPDQVVSNLDWLDEFKE
Candidatus_ruthia------------------PVLDPIAPVDNSEFDDDIPF
噬酸菌属(Acidovorax)_JS42---------------PVLDPIAPVDNSEFDDDIPF
土拉热弗朗西丝氏菌(Francisella_tularensis)----DNMPDFAEINSSNFDDDIPF
牙龈红棕色单胞菌(Porphyromonas_gingivalis)---SSVRDTAKEESSEPPSDLPF
不动杆菌属(Acinetobacter)_ADP1----------YVPKAPQQP--APADLDDDLPF
鲍氏不动杆菌(Acinetobacter_baumannii)-------PKAPQQPASAPADLDDDLPF
Synechococcus_elongates------------GSRRDQEGGMAPRDPDSDLF
热纤梭菌(Clostridium_thermocellum)·--------EPENTDGEGFFPAE-DDELPF
艰难梭状芽胞杆菌(Clostridium_difficile)-----EPQGLDPQGFQAID-DDDIPF
Thermoanaerobacter_tengcongens-----DIPDDFDGFTPIESEDDLPF
Streptococcus_sanguinis----------DESPFGNSN--PMDISDDDLPF
嗜热链球菌(Streptococcus_thermophilus)-----DESPFGNSN--PMDISDDDLPF
无乳链球菌(Streptococcus_agalactiae)------DESPFGNSN--PMDISDDDLPF
变异链球菌(Streptococcus_mutans)-------DESPFGDSN--PMDISDDDLPF
猪链球菌(Streptococcus_suis)----------EESPFGASN--PMDISDDDLPF
乳酸乳球菌(Lactococcus_lactis)--------QNNDSFG-SD--PMEISDDDLPF
运动发酵单胞菌(Zymomonas_mobilis)------SSNTNHDPF--GMDDLDDDVPF
酒酒球菌(Oenococcus_oeni)-------------PFNTDTGND--SLDISDDDLPF
Carboxydothermus_hydrogenoform----DFDPSDFG-TEIEISDEDIPF
热醋穆尔氏菌(Moorella_thermoacetica)-----NQDFSDLG-TEVEIGEDDLPF
Geobacillus_kaustophilus----------DDPFANDG-QPIDISDDDLPF
Geobacillus_thermodenitrifican----EDPFANDG-QPIDISDDDLPF
地衣芽孢杆菌(Bacillus_licheniformis)-----DDPFANDG-KPIDISDDDLPF
枯草芽孢杆菌(Bacillus_subtilis)---------DDPFANDG-KPIDISDDDLPF
Bacillus_halodurans---------------EDPFANDG-KPIDISDDDLPF
威氏利斯特氏菌(Listeria_welshimeri)------NDPFASDG-KPIDISDDDLPF
干酪乳杆菌(Lactobacillus_casei)---------PDPFANNG-KPIDISDDDLPF
Oceanobacillus_iheyensis----------EDPFKNNG-EPIDISDDDLPF
苏云金芽孢杆菌(Bacillus_thuringiensis)·---DDPFSNVG-QPIDISDDDLPF
炭疽芽孢杆菌(Bacillus_anthracis)--------DDPFSNVG-QPIDISDDDLPF
蜡状芽孢杆菌(Bacillus_cereus)-----------DDPFSNVG-QPIDISDDDLPF
Bacillus_clausii-----------------DNDPFSNDG--SIDISDDDLPF
戊糖片球菌(Pediococcus_pentosaceus)-----NDPFANSG-QSIDISDDDLPF
植物乳杆菌(Lactobacillus_plantarum)------ADPFANNG-DQIDISDDDLPF
短乳杆菌(Lactobacillus_brevis)---------ADPFANSG-DSIDISDDDLPF
Lactobacillus_sakei---------------ADPFANNG-QAIDISDDDLPF
唾液乳杆菌(Lactobacillus_salivarius)-----ADPFADNG-QSIDISDDDLPF
肠膜明串珠菌(Leuconostoc_mesenteroides)·---NPFAASGNTEIDISDDDLPF
加氏乳杆菌(Lactobacillus_gasseri)--------QDPFADSG-STIDISDDDLPF
粪肠球菌(Enterococcus_faecalis)---------SDPFGGSG-SSIDISDDDLPF
溶血葡萄球菌(Staphylococcus_haemolyticus)-------DNPFANAN-GPIDISDDDLPF
腐生葡萄球菌(Staphylococcus_saprophyticus)------DNPFANAN-GPIDISDDDLPF
表皮葡萄球菌(Staphylococcus_epidermidis)--DNPFANAN-GPIDISDDDLPF
无害利斯特氏菌(Listeria_innocua)---------SDSFANEG-KPIDINPDDLPF
单核细胞增生利斯特氏菌(Listeria_monocytogenes)-----SDSFASEG-KPIDINEDDLPF
Prosthecochloris_vibrioformis------TSQPPSGPMIENNDKDDLPF
微黄暗网菌(Pelodictyon_luteolum)--------PPQTAPSAPMIEN-DKDDLPF
褐杆状绿菌(Chlorobium_phaeobacteroides)--DYPQQSSGPMIES-EKDDLPF
Chlorobium_tepidum-----------------YGASPSSGGAQEFEKDDLPF
Chlorobium_chlorochromatii---------PPATPTVPTMIDTDKDDLPF
金黄色葡萄球菌(Staphylococcus_aureus)-----TQTGNNPFDNTEEDFSDLPF
德氏乳杆菌(Lactobacillus_delbrueckii)-----TNPFDSSDDAINVSNDDLPF
Salinibacter_rubber----------------GGDGQPGSDETFEPDDDLPF
哈氏噬纤维菌(Cytophaga_hutchinsonii)------AMESAGSFEPQTSGADDLPF
荚膜甲基球菌(Methylococcus_capsulatus)----GGSGAGSSQFDEGFDDDVPF
Alkalilimnicola_ehrlichei----------GGRQDNMGDDAGAFEDDIPF
Rhodopirellula_baltica-------------SSDSQPTGDGPGYDEPDIPF
聚球蓝细菌属(Synechococcus)_WH_8102-----DNQEAAGSFG-GQASDEEIPF
聚球蓝细菌属(Synechococcus)_CC9902·------DNQESGGNFG-GQASDEDIPF
聚球蓝细菌属(Synechococcus)_CC9311--------SEAGSGGFGGGSPSDEEVPF
Prochlorococcus_marinus-----------ASNFGGGGFGDG-PSEEEVPF
金黄节杆菌(Arthrobacter_aurescens)------NPSANAGSSWGNS-P-DSEPPF
节杆菌属(Arthrobacter)_FB24-----------PGVSNAGGGWGNG-P-DSEPPF
结核分枝杆菌(Mycobacterium_tuberculosis)------PWGSAPASGSFGGG---DDEPPF
鸟分枝杆菌(Mycobacterium_avium)-------PWGSAPASGSFGGG---DDEPPF
牛分枝杆菌(Mycobacterium_bovis)-------PWGSAPASGSFGGG---DDEPPF
Mycobacterium_vanbaaleRii-------PWGSAPASGSFGGA---DDEPPF
浅黄分枝杆菌(Mycobacterium_gilvum)-----PWGSAPASGSFGGA---DDEPPF
包皮垢分枝杆菌(Mycobacterium_smegm*tis)--PWGSAPASGSFSGA---DDEPPF
皮疽诺卡氏菌(Nocardia_farcinica)---------GSAPAAGSFGGGRM-DDEPPF
溃疡分枝杆菌(Mycobacterium_ulcerans)---DPWGSAPASGSFG-G---DDEPPF
麻风分枝杆菌(Mycobacterium_leprae)----PWGSAPTSGSFGVG---DEEPPF
杰氏棒杆菌(Corynebacterium_jeikeium)--DPWNSAPQSG-FGDG---DDEPPF
白喉棒状杆菌(Corynebacterium_diphtheriae)-----PWSSAPQAGGFGGA---EQDPPF
Salinispora_tropica---------------APAPSRGGSGGGNF-DEEPPF
Corynebacterium_efficiens---------NSAPPAGSGGFGGA-DDEPPF
谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium_glutamicum)---NSAPPAGSGGFGGA-DDEPPF
红球菌属(Rhodococcus)_RHA1-----------APQASGSFGGSGGG---SDEPPF
除虫链霉菌(Streptomyces_avermitilis)-----GSSGGSSGGSGGG-Y-SDEPPF
Thermobifida_fusca--------------WATGGGGFGG-GGG-Y-SDEPPF
弗兰克氏菌属(Frankia)_CcI3------------APIDDPWSQPAGG--YSDEPPF
类诺卡氏菌属(Nocardioides)_JS614------SAPANDPWGAPGVG---SDEPPF
解纤维热酸菌(Acidothermus_cellulolyticus)---AEDPWAAGSATGNFSDEPPF
疮疱丙酸杆菌(Propionibacterium_acnes)-ANRGGGVDPWASAQT-----DEPPF
Leifsonia_xyli------------------PSAGTDVWNTPGAYN---DETPF
Aster_yellows_witches_broom---NKTATKVIVQKVIFLDNKDK
Onion_yellows_2--------------------VIVHKVIFLDNKSQTDNLPF
多变鱼腥蓝细菌(Anabaena_variabilis)--------EESTSTSLPNETQAVANANF
念珠蓝细菌属(Nostoc)_PCC_7120-------------EESTSTSAPNETQAVANANF
集胞蓝细菌属(Synechocystis)_-------------LLGSKRDNAEATMNNYPEEF
红海束毛蓝细菌(Trichodesmium_erythraeum)----ELLGSKRDSEQAALASYNEF
Flavobacterium_johnsoniae----------AKNTNFDAPSEGLPINDLPF
Thermotoga_maritime----------------LEIPEEDFSSDTFSEDEPPF
Syntrophus_aciditrophicus----------EGHFSPFNDLPPLPEDDVPF
问号钩端螺旋体(Leptospira_interrogans)-----VVGQMIRFDGLPGKKEREVA
Desulfotalea_psychrophila----------SFPEPTGPDAYGGTGNDVPF
Onion_yellows_phytoplasma_OY-M-----CNNVQFLESKKNPDNAYDNF
空肠弯曲杆菌(Campylobacter_jejuni)--------EKLKEIDIDAYDSDDTNLPF
Thermosynechococcus_elongates-------LSSKRDTDPNAVPAGYVPEI
希瓦氏菌属(Shewanella)_W3-18-1·-----------PADDASSQANWAQTYPEPDF
紫色粘杆菌(Gloeobacter_violaceus)----------KVDQLELLGRAARPDEPESF
希瓦氏菌属(Shewanella)_ANA-3----------------AQPQGGHQQNTQQQAYNYHR
[0057]在一个方面，本发明涉及与目标蛋白质，来自大肠杆菌的 核酸外切酶I(ExoI)结合的大肠杆菌SSB的早先未公开的高分辨率 结构的鉴定。大肠杆菌核酸外切酶I由Lehman，1960，J.Biol.Chem. 235：1479-1487所描述。可以作为单独的酶、或作为更大的酶复合物 的部分存在的核酸外切酶，是从多核苷酸链的末端一次切割一个核苷 酸的酶。大肠杆菌核酸外切酶I具有SEQIDNO：3的核苷酸序列， 它具有SEQIDNO：4的氨基酸序列。大肠杆菌核酸外切酶I的晶体 结构的原子坐标已经以登记号3C95保存在蛋白质数据库。本发明预 期其他原核核酸外切酶的用途，特别是大肠杆菌核酸外切酶I的其他 原核同系物的用途。
[0058]本发明的原核核酸外切酶包括作为SEQIDNO：4的多态 性变体、突变体和种间同系物的多肽。本发明的原核核酸外切酶还包 括SEQIDNO：4的功能等效物或片段。
[0059]提供了用于分析原核SSB与“SSB结合蛋白质”(在此也 称为“目标蛋白质”)的结合的方法。SSB结合蛋白是一种结合SSB 的蛋白质。SSB可以是原核SSB，例如所述SSB可以是大肠杆菌SSB。 所述SSB结合蛋白可以是原核SSB结合蛋白，例如所述SSB结合蛋 白可以是核酸外切酶。所述核酸外切酶可以是原核核酸外切酶，特别 是它可以是核酸外切酶I。所述核酸外切酶I可以是大肠杆菌核酸外 切酶I。
[0060]还提供的是测量溶液中SSB与核酸外切酶I的结合的快速 荧光偏振方法。荧光偏振(FP)是一种技术，其可以利用偏振光和荧 光示踪物测量标记的分子与目标分子的结合。当用偏振光激发时，附 着于分子的示踪物发射高水平偏振荧光。与附着于较小分子的示踪物 相比，附着于更大分子的示踪物旋转(rotation)得更慢。举例来说， 荧光素标记的肽可以用于检测所述肽与多种分子的特异性结合，因为 当与目标结合时，由于它们相对于它们的自由翻转速度更慢的翻转速 度，荧光素标记的肽更慢地被消偏振。在化学上，荧光各向异性分析 了分子的旋转扩散，其来自荧光中偏振的解相关，即，激发的和发射 的(荧光)光子之间。根据旋转扩散常数，人们可以估计大分子的形 状，并使用该信息来设计可能是药物候选物的其他分子。
[0061]考虑到(1)与SSB的蛋白质相互作用的重要性，(2) SSB蛋白结合序列跨越细菌物种的广泛保守性，和(3)真核(人类) 系统的SSB蛋白质结合序列的明显缺乏，这些分析对于选择性抑制原 核生长的化合物的鉴定是特异性的。选择性抑制SSB和它的目标蛋白 质之间的相互作用的小分子因而是吸引人的、新的广谱抗生素。本发 明预期在此描述的方法的用途，用于这种相互作用的小分子抑制物的 高通量筛选。这种抑制物可以充当未来的生物化学和抗微生物研究的 先导化合物。
[0062]本发明的方法可以在溶液中，即，在体外实践。因而，通 过进行体外分析，有可能鉴定根据本发明的新的抗微生物化合物。在 另一个实例中，本发明的方法可以在计算机芯片上实践，即，通过利 用计算机程序来模拟。因而，利用关于本发明的晶体结构的信息，有 可能设计和/或鉴定新的抗微生物化合物的结构，其然后可以利用本领 域已知的方法化学上合成。
[0063]在本发明的实践中使用、可以被筛选的化合物库的实例包 括多种筛选库，其可以获自Maybridge(例如，14,400种化合物的 HitFinder集合)；来自ChemBridge的16,000种化合物的DIVERSet 库；Chemdiversity库，ChemicalDiversityLabs，Inc.，等等。任何其 他候选化合物可以在根据本发明的分析中使用。候选化合物不必从库 中获得用以筛选。候选化合物可以利用本领域已知的方法来合成，因 而可以在本发明的分析中使用。例如，利用相互作用的蛋白质(例如， SSB和核酸外切酶)的晶体结构的数据，可以在计算机芯片上设计候 选化合物。一旦在计算机芯片上设计了候选化合物，这些候选化合物 可以利用已知的合成化学方法来合成，然后可以测试它们抑制或影响 相互作用的蛋白质(例如SSB和核酸外切酶)之间的相互作用的效力。
[0064]在一个实例中，抑制SSBC-末端尾部介导的蛋白质/蛋白 质相互作用的化合物的鉴定利用基于高通量荧光偏振(FP)的筛选来 分析。发明人使用了FP筛选来鉴定抑制ExoI与大肠杆菌SSB的C- 末端尾部结合的化合物。使用ExoI-SSBC-末端尾部结合作为高通量 筛选的报告物具有几个优点。首先，ExoI和SSB的C-末端尾部之间 的结合与其他已知的结合事件相比是非常强的，容许利用FP鉴定精 确的Kd，容许筛选重要的ExoI-SSB-Ct复合物的群体，因为复合物形 成可以被饱和，。第二，FP非常适合于高通量平台，因而容许快速地 筛选大量的化合物。第三，与SSB的C-末端尾部结合的核酸外切酶I 的晶体结构的发明人的新近的发现，提供了与功能性配偶体结合的 SSBC-末端尾部的最先知道的高分辨率图象。晶体结构表明，C-末端 尾部的最后的氨基酸在结合中起到重要作用。这些发现得到FP数据 的支持，表明SSB的倒数第二个的Pro残基向Ser的突变消除了ExoI 结合SSB的C-末端尾部的能力。不希望受到以下理论的限制，有可 能的是，考虑到在不同的细菌SSB同系物中SSB的最后四个氨基酸 之间的极高度的保守性，蛋白质结合的这种方式可能是募集对于基因 组维护很重要的蛋白质的保守机制。
[0065]通过寻找抑制这些结合事件的小分子，有可能破坏SSB- 核酸外切酶I相互作用，因而减慢细菌生长或杀死细菌。此外，抑制 结合的小分子还可能抑制SSBC-末端尾部和其他结合配偶体之间的 结合。
[0066]在一个实例中，可以进行高通量筛选，寻找破坏SSB的 C-末端尾部和其他已知的SSB结合配偶体之间的相互作用的分子。举 例来说，已经在大肠杆菌中鉴定了超过十二种的SSB相互作用蛋白质 (Butlandetal.，2005，Nature433：531-537)。这些相互作用的许多 是由SSB的C-末端尾部和它的异型结合配偶体之间的接触介导的， 例如ExoI(Sandigurskyetal.，1996，RadiationResearch145：619-623； Genscheletal.，2000，Biol.Chem.381：183-192)，DNA聚合酶III 的χψ亚基(Yuzhakovetal.，1999，Cell96：153-163；Witteetal.，2003， NucleicAcidsRes.31：4434-4440)，尿嘧啶DNA糖基化酶(Hanadaet al.，2001，J.Biol.Chem.276：16992-16997)，PriADNA解旋酶 (CadmanandMcGlynn，2004，NucleicAcidsRes.32：6378-6387)和 RecQDNA解旋酶(Sheredaetal.，2007，J.Biol.Chem.282： 19247-19258)。由于细菌SSB蛋白质主要是同四聚的(具有可以作 为蛋白结合位点的四个C-末端)，多个SSB四聚体可以结合到单个 延伸的ssDNA区域(LohmanandFerrari，1994，Annu.Rev.Biochem.66： 527-570)，SSB作为许多基因组维护酶的共同靶点的利用促使了几种 DNA代谢活性的有效的靶向和协调。当进行抗微生物化合物的筛选时添加分析成分的顺序
[0067]本发明预期用于在此描述的抗微生物化合物的筛选的变 体。如下文所示，有可能筛选化合物的库，来鉴定作为候选抗微生物 化合物的许多命中。这些候选化合物可以作图到在代表与SSB结合蛋 白(例如，ExoI)结合的SSBC-末端的晶体结构中的肽结合位点。在 一个实例中，有可能利用与ExoI预先结合的、荧光标记的C-末端SSB 肽的溶液进行筛选并在化合物中滴定。做为选择，可能的是通过添加 核酸外切酶I(例如，向384孔平板)、然后向每个孔添加单个(例 如，不同的)候选化合物，来进行筛选。这将容许化合物一定时间来 结合ExoI的结合口袋。然后可以添加本发明的荧光标记的肽。这种 荧光标记的肽将与结合到口袋的任何化合物竞争。不希望受到以下理 论的限制，有可能的是，后者将是生理学上更为相关的筛选，因为在 体内，药物可能在其目标碰见SSB尾部之前碰见它的目标。虽然在以 下的实施例中筛选利用ExoI和肽尾部进行，关于这个主题存在着可 能潜在有用的许多变体。所述筛选也可以使用来自大肠杆菌的其他目 标进行，例如，拓扑异构酶III、DNA聚合酶的Chi亚基、促旋酶、 这些或其他目标的混合物，等等。此外，这种筛选可以利用来自其他 细菌的蛋白质进行，包括但不限于葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽 胞杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)，等等。这些分析可以利 用来自被测试的物种的完整蛋白质或C-末端尾部来进行。利用对接计算机程序来鉴定和改善化合物的结合
[0068]通过分析结合口袋中已知小分子的对接方式，计算机建模 和对接过程可以用于检查和改善来自小分子筛选库的命中。对接从受 体口袋中小分子的晶体结构开始。可能发生的是，最初的来自数据库 的命中可能不是药物的最佳结构。这可以通过将所述命中在活性位点 中建模、然后对接其他分子来测试。计算结合能并与已知的命中相比 较。构象匹配也是对接结果的重要部分，通常通过建模来检查。
[0069]在对结合的小分子测定了初始的晶体结构之后，计算性的 筛选和对接程序如AutoDock(ScrippsresearchInstitute，LaJolla，CA)、 FlexX(BioSolveITGmbH，SanktAugustin，Germany)和SLIDE (MichiganStateUniversity，EastLansing，MI)可以用于从已知数据 库中筛选数千的化合物。在这个实例中，每个分子被容许构象柔性来 适合受体位点，并对结合能力计分。在大多数情况下，受体也容许柔 性。来自数据库的前列的化合物被计分和分级(rank)，结合模式和 结合能量与来自小分子分析的实际命中相比较。这分级了化学分析和 对接方式两者的可靠性。这种操作产生一组分子，其可以充当起始分 子用于逐个原子从头地、或通过相似的药物结合计算机程序来优化结 合口袋。
[0070]在此描述的方法可适于这种类型的操作。实际上，本申请 的发明人辨析了许多晶体结构，在其中抑制物结合到结合口袋。使用 这些工具，有可能在计算机芯片上(即，利用计算机程序)搜索分子， 所述分子与已经在此鉴定分子相比结合得同样好或更好。大体上，合适 的计算机软件可以用于帮助鉴定化合物的结构，所述化合物将最佳地 抑制肽结合。利用计算机芯片技术的优点是筛选潜在候选化合物的快 速性，因为与在溶液中，即体外地进行数千个结合分析相比这要快得 多。包括所鉴定的化合物的药物组合物
[0071]还提供了药物组合物，其包括根据本发明鉴定的抗微生物 化合物作为活性试剂。所述药物组合物可以是液体或固体的。例如， 所述液体组合物可以是包含一种或更多种抗微生物化合物的水溶液。 例如，所述固体组合物可以是可通过冻干或喷雾干燥上述水溶液获得 的固体制品。在一个实施方式中，所述固体制品是冻干物。上述的水 性制品包括这样的固体制品的水溶液。并且，上述固体组合物可以是 试剂盒的形式，其中所述固体制品和输注液被制备成独立的制品。
[0072]下文描述了生产本发明的药物组合物的技术的实例。通过 在所选的溶剂中、以常规的方式溶解抗微生物化合物，可以产生水溶 液。这些水溶液可以是强碱性(alkaline)、中性或碱性的(basic)； 所述抗微生物化合物溶于水溶液中就足够了。在这样的的水溶液中抗 微生物化合物的浓度可以是例如与测量的最小抑制浓度相符的浓度 (表3)。在某些实施方式中，选择所述浓度使得它允许在随后的操 作中的成功的冻干。对于固体药物组合物的制造，例如，冻干物可以 通过将包括本发明的一种或更多种抗微生物化合物的水溶液冻干来 产生。示范性的操作包括在大约-25℃冷冻水溶液，冷冻干燥器的内部 负压维持在约0.1Torr或更低，以约5℃到20℃/小时的速度提高平板 温度到约25℃到40℃的最终温度。在进行冻干时，剂型调节物可以 添加到抗微生物化合物的水溶液中，以改善冻干物的形态。剂型调节 物可以包括各种糖类(例如，糖醇，如甘露醇、木糖醇、肌醇、山梨 醇等等，基于己糖的二糖，例如麦芽糖、蔗糖、乳糖等等，和单糖， 如葡萄糖)、中性氨基酸(例如，甘氨酸、丙氨酸、脯氨酸、缬氨酸、 甲硫氨酸，等等)和丁二酸的碱金属盐(例如丁二酸钠，等等)。当 喷雾干燥的制品是期望的产物时，上文描述的水溶液通过本身已知的 技术来喷雾干燥。示范性的操作包括以约5-20ml/分钟的流速将水溶 液从喷雾干燥器喷嘴(例如，双喷嘴、压力喷嘴，等等)或旋转盘以 雾的形式喷射到干燥室中(例如，干燥室进口和出口温度：分别为约 80℃到120℃和约30℃到50℃；风速约70-100kg/小时)。
[0073]为了确保药物吸收的进一步提高，可以在本发明的药物组 合物中附随地使用表面活性剂。适合的表面活性剂的实例包括非离子 型表面活性剂，例如山梨聚糖脂肪酸酯(例如，单棕榈酸山梨聚糖酯、 倍半硬脂酸山梨聚糖酯，等等)、甘油脂肪酸酯(例如，单硬脂酸甘 油酯，等等)、丙二醇脂肪酸酯(例如单硬脂酸丙二醇酯)、聚氧乙 烯甘油脂肪酸酯(例如，单硬脂酸聚氧乙烯甘油酯，等等)、聚乙二 醇脂肪酸酯(例如，单硬脂酸聚氧乙烯酯、二硬脂酸PEG酯、等等)、 聚氧乙烯烷基醚(例如聚氧乙烯月桂基醚、聚氧乙烯硬脂酰基醚，等 等)、聚氧乙烯氢化蓖麻油、聚氧乙烯山梨醇蜂蜡衍生物、聚氧乙烯 羊毛脂醇、聚氧乙烯山梨醇脂肪酸酯、Pluronic系列表面活性剂，阴 离子表面活性剂，例如碱金属十二烷基硫酸盐、碱金属硬脂酸盐、碱 金属棕榈酸盐和液体表面活性剂例如吐温20和吐温80，等等。这些 表面活性剂可以单独地或以适合的比例复数地使用。
[0074]为了改善抗微生物化合物的溶解度或稳定性，多种盐(例 如，有机酸盐，如柠檬酸钠、酒石酸钠、苯甲酸钠，等等)和/或稳定 剂(例如，碱性的无机盐，如碳酸镁、碳酸钙、碳酸氢镁、碳酸氢钙， 等等)可以被包括或添加到本发明的组合物中。如有必要，用于渗透 压调节的等渗剂(例如，氯化钠)和/或安慰或局部麻醉剂试剂(例如， 葡萄糖、山梨醇、甘露醇、苯甲醇、盐酸甲哌卡因、盐酸利多卡因， 等等)也可以采用。
[0075]防腐剂和pH控制试剂可以按需要少量添加。防腐剂包括 对羟苯甲酸酯，例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯，等等， 醇类，如三氯叔丁醇，季铵盐，如苯扎氯铵、苄索氯铵、溴化十六烷 基三甲铵，等等，山梨酸、氯己定、硫柳汞，等等。pH控制试剂包 括各种酸，例如，无机酸，如盐酸、硼酸、磷酸、碳酸、氢碳酸(hydrogen carbonicacid)，等等，有机酸如单或多聚羧酸、氨基酸，等等，以及 各种碱，例如碱金属氢氧化物，如氢氧化钠、氢氧化钾，等等，和碱 金属(氢)碳酸盐，例如碳酸氢钠、碳酸钠，等等。这些添加剂可以 单独或组合地使用，可以以约0.001-10mg、优选的约0.01-5mg每毫 克抗微生物化合物的比例来添加。
[0076]本发明的药物组合物一般按一定剂型口服地或胃肠外地 施用，所述剂型通过将所述活性成分与药理学上可接受的载体或赋形 剂配制来制造。本发明的药物组合物可以按以下方式利用。以固体组 合物为例，它可以即时地溶于无菌蒸馏水或输注液(例如生理盐水、 葡萄糖液输注液，等等)中，用作，例如静脉内的、皮下的、肌肉内 的、或静脉滴注注射液，或作为眼用溶液。这种注射液的制备优选的 通过已知的无菌操作进行。
[0077]本发明的药物组合物的剂量取决于剂型、治疗方式、活性 化合物的种类和其他因素。在某些实施方式中，所述药物组合物可以 一天施用一次或分成2到3次。实施例
[0078]要理解的是，本发明不限于所描述的特定方法、方案、主 题和试剂等，这些都可以变化。还需要理解的是，在此使用的术语仅 用于描述特定实施方式的目的，不意图限制性本发明的范围，本发明 的范围仅由权利要求限制。提供以下实施例来说明，而不是限制所要 求保护的发明。化合物的结构
[0079]下文显示的是在根据本发明筛选抑制SSB-核酸外切酶I 结合的化合物中所鉴定的化合物的实例。对每个化合物，显示了化合 物的名称、化合物的化学式、化合物的分子量(MW)以及化合物的 化学结构。还显示的是公司的名称，所述公司提供了鉴定所述化合物 的库，以及在所述库中特定化合物的产品编码。Ki值是用于描述配体 (例如，药物，在此是测试的抑制化合物)与肽或蛋白质之间的亲和 力的离解常数，即，配体(即，测试的抑制化合物)多紧密地与特定 的肽或蛋白质结合。IC50值是指半最大抑制浓度，即，在体外其目标 的50％抑制所需的抑制化合物的浓度。它衡量了抑制某生物过程(例 如，在LB中的细菌生长)达到50％所需要多少特定物质/分子。化合物3
[0080]名称：2-[5-(3-溴苯亚甲基)-4-氧-2-硫代-1，3-噻唑烷-3- 基]-3-苯基丙酸。化学式：C19H14BrNO3S2.MW：448.36.公司： ChemBridge.产品编码：6044448.Ki＝～2.5μM.IC50大肠杆 菌4213＝5.5μM.IC50金黄葡萄球菌＝10μM.
化合物8
[0081]名称：[5-(2-甲基-3-苯基2-丙烯-1-亚基)-4-氧-2-硫代-1，3- 噻唑烷-3-基](苯基)乙酸。化学式：C21H17NO3S2.MW：395.5.公 司：ChemBridge.产品编码：5767720.Ki＝～4μM.IC50大 肠杆菌4213＝11μM.IC50金黄葡萄球菌＝29μM.
化合物9
[0082]名称：3-(叔-丁基)-1-(6-氯-1，3-苯并噻唑-2-基)-4，5- 二氢-1H-吡唑-5-酮。化学式：C14H14ClN3OS.MW：307.79766.公司： Maybridge.产品编码：SEW01297.Ki＝～773nM.IC50大肠杆 菌4213＝6μM.IC50金黄葡萄球菌＝5.5μM.
化合物10
[0083]名称：2-[2-氯-5-(三氟甲基)苯胺基]-5-甲氧基苯甲酸。 ACD编码：MFCD00175807.化学式：C15H11ClF3NO3.MW： 345.705449.公司：Maybridge.产品编码：S07197.Ki＝～124.7 nM.IC50大肠杆菌4213＝30μM.IC50金黄葡萄球菌＝18μM.
化合物28
[0084]名称：1-(1，3-苯并噻唑-2-基)-3，4-二甲基-1H-吡唑-5-醇。 化学式：C12H11N3OS.MW：245.3.公司：Chembridge.产品编 码：9040944.
化合物29
[0085]名称：1-(1，3-苯并噻唑-2-基)-3-异丙基-1H-吡唑-5-醇。 化学式：C13H13N3OS.MW：259.33.公司：ChemBridge.产品编 码：9036389.
化合物31
[0086]名称：2-(1，3-苯并噻唑-2-基)-5-甲基-2，4-二氢-3H-吡唑 -3-酮。化学式：C11H9N3OS.MW：231.27.公司：Chembridge.产 品编码：5108305.
化合物32
[0087]名称：2-[3-(三氟甲基)苯胺基]苯甲酸。化学式： C14H10F3NO2.MW：281.234109.公司：Maybridge.产品编码： RJC02179.
化合物37
[0088]名称：5-[2-氯-5-(三氟甲基)苯氧基]-2-硝基苯酚。化学 式：C13H7ClF3NO4.MW：333.64.公司：ChemBridge.产品编码： 5524827.
化合物42
[0089]名称：N-(6-氯-1，3-苯并噻唑-2-基)-3，5-二甲基-4-异噁唑 甲酰胺。化学式：C13H10ClN3OS.MW：307.7543.公司：Maybridge. 产品编码：HTS08909.
化合物46
[0090]名称：1-(6-氯-1，3-苯并噻唑-2-基)-3-甲基-4，5-二氢-1H- 吡唑-5-酮。化学式：C11H8ClN3OS.MW：265.71702.公司： Maybridge.产品编码：SEW01296.
与SSB的C-末端尾部相应的肽
[0091]与SSB的C-末端尾部相应的肽或其变体由威斯康星大学 Madison生物技术中心合成和纯化。“WT”肽包含添加的N-末端Trp (W)残基用于定量，随后是来自大肠杆菌SSB的9个C-最末端残 基：Trp-Met-Asp-Phe-Asp-Asp-Asp-Ile-Pro-Phe(SEQIDNO：6)。 因而，合成的肽是荧光素-WMDFDDDIPF(即，荧光素-SEQIDNO： 6)。Trp残基在280nm处吸收，因而容许肽浓度的精确定量。做为 选择，其他残基或标签可以用于实践本发明，只要它们可以用于精确 地定量肽浓度。在竞争性结合实验中，使用没有荧光部分的肽 WMDFDDDIPF(SEQIDNO：6)。
[0092]使用的第二种肽“F-WT”包含相同的序列，只是添加了 N-末端荧光素部分。还合成了变化F-WT序列的两个另外的肽：第一 个，“F-P176S”，用Ser残基取代了WT序列中倒数第二的Pro，第 二个，“F-mixed”，是F-WT肽序列的SSB衍生的部分的随机选择 的序列Trp-Asp-Phe-Met-Asp-Asp-Pro-Phe-Ile-Asp(SEQIDNO：8)。 下文描述的实验中使用的其他肽是WDDIPF(SEQIDNO：7)和 WMDFDDDIPF(SEQIDNO：6)。这些肽都没有被荧光标记。肽结合分析
[0093]在不存在或存在各种化合物的情况下，利用上述的肽和核 酸外切酶I，在溶液中进行肽结合分析。在肽结合分析中使用不同数 量的核酸外切酶I(ExoI)。一般地，0.1-10,000nM大肠杆菌ExoI (或变体)与10nMF-WT、F-P176S或F-mixed肽在20mMTris-HCl、 pH8.0、100mMNaCl、1mMMgCl2、4％(v/v)甘油、1mM2-巯基 乙醇和0.1mg/ml牛血清白蛋白(BSA)中在室温下孵育10分钟。荧 光偏振(FP)在25℃一式三份地测量；标绘平均FP值，平均值标准 差作为误差显示。
[0094]表2中的数据概述了几种测试的候选化合物的离解常数 (Ki)的值。显示单个化合物(即，抑制物)的肽结合数据的图在附 图1-6中示出。WT肽对照的数据在附图7中显示。表2.离解常数(Ki)估计值
化合物 Ki估计值 3 2.5μM 8 4μM 9 2.2μM 10 350nM 32 1.5μM 37 700nM 46 1.5μM WT肽 53nM
[0095]在一个实施例中，值得注意的是，在化合物(抑制物)46 和31之间仅有的差异是前者中Cl原子的存在。为了检测一个原子取 代的显著性，抑制物46的肽结合抑制作用值相对于抑制物31的肽结 合抑制作用值来标绘(附图6)。缺少Cl原子产生了弱得多的结合(表 3)。
[0096]附图7显示了C-末端肽的哪些部分对于与核酸外切酶I 的结合是重要的。附图7中显示的实验的原理非常类似于用抑制物进 行的实验(附图1-6)，但是不同于将不同的抑制物滴定入具有与核 酸外切酶I结合的、荧光标记的SSBC-末端尾部肽的溶液中，未标记 的肽、或具有N-末端三个氨基酸残基(MDF)缺失的未标记的肽 DDDIPF(SEQIDNO：7)被滴定。应当再次指出的是，W在此仅用 于定量目的。如果缺失的残基在肽结合中起到重要作用，则与全长肽 相比，所述肽的截短的形式应当更不良地竞争。这正是附图7中所见 的；与全长肽相比，需要10倍的截短的肽来滴定出已经与蛋白质结 合的荧光肽。有可能滴定出蛋白质的事实表明，虽然N-末端三个残基 在结合中起到作用，它们对于结合不是关键的，因为截短的肽有竞争， 但是更为不良地竞争。
[0097]化合物28、29和31不抑制结合(表3)。高通量筛选来寻找抑制SSB/核酸外切酶I相互作用的分子
[0098]浓缩的核酸外切酶I透析过夜至2升稀释缓冲液(DB)(20 mMTrispH8.0HCl，100mMNaCl，1mMMgCl2，和1mMBeta-巯 基乙醇)中.在透析后，核酸外切酶I与早先也在DB中稀释的荧光 标记的SSBC-末端肽，氨基酸序列(N-末端)荧光素-WMDFDDDIPF， 即，荧光素-SEQIDNO：6(C-末端)混合。在用DB调整后核酸外 切酶I/SSBC-末端肽混合物的成分的终浓度是1μM核酸外切酶I、 10nM荧光标记的SSBC-末端肽和20mMTrispH8.0HCl、100mM NaCl、1mMMgCl2和1mMBeta-巯基乙醇。在室温放置5分钟后， 使用液体处理系统将这种溶液等分到384孔平板中，提供30微升/孔。 然后添加1微升的1mM化合物。筛选的化合物获自ChemBridge DIVERSet库(ChemBridgeCorporation，SanDiego，CA)、Maybridge HitFinder库(ThermoFisherScientific，Waltham，MA)、ChemDiv 库(ChemicalDiversityLabs，SanDiego，CA)或KnownBioactive库 -KBA01。
[0099]在化合物添加之后5分钟，利用平板读取器读取每个孔的 FP(荧光偏振)值。鉴定出降低FP值的化合物。这一般利用三个标 准偏差来进行。发荧光的或引起过度沉淀的化合物从考虑中淘汰。分 离出满足这些指标的大约20种化合物，利用PanVeraBeacon2000FP (PanVeraCorp.，Madison，WI)更严格地测试。根据这些实验，鉴 定出5种化合物，它们能将FP值降低到表明肽结合的完全抑制的程 度，因而容许Ki的测定。[00100]为了测定Ki，利用1μM核酸外切酶I、10nM荧光标 记的SSBC-末端肽和20mMTrispH8.0HCl、100mMNaCl、1mM MgCl2和1mMBeta-巯基乙醇，如上文描述的类似地制备主混合物。 增加数量的化合物滴定到肽蛋白质混合物中，直到FP值降低到仅由 单独的荧光标记的肽给出的值。Ki值利用密歇根大学ShaomengWang 教授的基于荧光的竞争性结合分析的Ki计算器(Nikolovska-Coleska etal.，2004，Anal.Biochem.332：261-273)来测定。
细菌生长分析
[00101]测试候选化合物抑制细菌生长的能力，在附图8-23和表 3中示出。举例来说，在附图8-16中，显示了具有受损的(compromised) 细胞壁的革兰氏阴性细菌大肠杆菌4213的生长曲线。附图8-16显示 了单个的候选物抑制化合物如何抑制大肠杆菌4213的生长。受损的 细胞壁容许化学物质更容易地穿过它。同样，附图17-23显示了单独 的候选物抑制化合物如何抑制革兰氏阳性细菌金黄葡萄球菌12598的 生长。
[00102]A～0.05OD600的含大肠杆菌1655、大肠杆菌4213或金 黄葡萄球菌的100μLLB在96孔平板中等分。添加1μL的含化合 物的DMSO来得到终浓度。在250RPM摇动下在37℃孵育平板。通 过测定在第3和7小时之间(对数生长期)发生的、OD/小时方面的 平均改变，来计算生长速度。在此显示的图形是这种细菌生长速率 (OD/h中的改变)相对于按μM的抑制剂浓度的标绘图。
[00103]表3中的数据概述了根据本发明的选定化合物的浓度， 其是在液体培养基中降低细菌生长达50％所必需的。
[00104]来自大肠杆菌抑制实验的数据在表4中概述。
表4.大肠杆菌生长的抑制
抑制物 IC50μM抑制物 3 6 8 11 9 6 10 30 32 33 37 33 28 38 29 88 31 50-100 46
[00105]来自金黄葡萄球菌抑制实验的数据在表5中概述。
表5.金黄葡萄球菌生长的抑制
抑制物 IC50μM抑制物 3 9 8 30 9 6 10 20 32 30 37 2.5 42 9
[00106]许多测试的候选化合物对细菌生长具有深刻的抑制效 果。此外，发现的是，所鉴定的药物化合物可以减慢许多其他革兰氏 阳性细菌物种的生长。举例来说，枯草芽胞杆菌和粪肠球菌的生长当 这些细菌在含有100μM化合物9或化合物10的琼脂平板上生长时 被抑制。当以类似的方式测试时，耐放射微球菌的生长也被抑制。
晶体结构
[00107]核酸外切酶I晶体转移到含有12％PEG4000、1mM MgCl2、20mMTrispH8.0和5mM化合物的浸泡溶液中。这些溶液 被容许在表面皿中浸泡5天，在此时将晶体转移到含有12％PEG 4000、1mMMgCl2、20mMTrispH8.0、5mM化合物和25％甘油的 冷冻溶液中。然后，晶体在液氮中快速冷冻。
[00108]尽管在细胞中SSB与异源蛋白质的相互作用的值得注意 的重要性，SSB和它的配偶体蛋白质之间的相互作用的结构和机制理 解仍然不清楚。在一个方面，本发明提供了结合到其相关SSB的C- 末端的大肠杆菌ExoI的高分辨率结构的阐明。测定了大肠杆菌ExoI 的apo和SSB肽结合形式的晶体结构，以及结合在结合口袋之一中的 候选化合物的结构，所述结合口袋在晶体结构中早先被SSB的C-末 端肽尾部占据(LuandKeck，2008，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，印 刷中(inpress))。
[00109]测定了结合到包含SSB-Ct元件的肽的大肠杆菌ExoI的 晶体结构。衍射到2.7-分辨率的ExoI/SSB-Ct蛋白质晶体以及复合 物的结构通过利用apoExoI结构(BreyerandMatthews，2000，Nat. Struct.Biol.7：1125-1128)作为搜索模型的分子替换来确定(表9)。 此外，测定了不存在SSB-Ct肽(但另外是在与肽结合形式相同的结 晶条件下)的情况下结晶的大肠杆菌ExoI的1.7-分辨率结构，用 于比较性结构分析。如对初始的apo-ExoI结构所描述的，处于两种晶 体形式中的ExoI由核酸外切酶(残基1-201)、SH3-样(残基202-352) 和螺旋(残基360-476)结构域组成(附图25A和25B)。
[00110]来自SSB-Ct结合的ExoI晶体的差异电子密度图谱的检 视揭示了与和ExoI表面缔合的两种SSB-Ct肽的C-末端相应的特征， 如附图25C、25D和附图28中所示。两种肽在距离活性位点＞20的 位点结合。第一种肽(“肽A”)在ExoI的核酸外切酶和SH3-样结 构域之间结合(附图25C和25E)。对于肽A的最C-末端的SSB残 基(174-177)电子密度是可见的，但对于残基169-173是缺失的，与 N-末端为动态或无序的是相符的。肽A结合位点在深口袋中锚定在最 C-末端SSB-Ct残基(Phe177)，所述深口袋由来自ExoI的进化上保 守的残基组成。在这种相互作用中，疏水的Phe侧链相对于来自ExoI 的Leu147、Leu204和Tyr207侧链被包裹，它的α羧基氧与Arg148 侧链形成表观的离子键。肽A的更为N-末端的区域相对来自ExoI的 Ala310、Gln311和Thr314被包裹，除了Asp174以外，其接触晶格内 邻近的ExoI分子中的ExoI残基Gln448和Gln452(附图29)。结合 到位点A的SSB-Ct与ExoIArg316侧链的重排是相符的，其面向肽A 的路径(附图25E)。这个Arg316旋转异构体位置容许非活性位点 Mg2+离子结合到由Glu150、Glu318和Asp319形成的酸性口袋。除了 这些元件之外，由Arg338和Lys227ExoI侧链形成的“碱性脊(basic ridge)”呈现出靠近肽A的N-末端的凸出的正电性的小片(图25D)。 考虑到在SSB-Ct上另外的未辨析的Asp残基的存在，这个脊可能在 SSB-Ct结合中起到作用，其在该结构中未得以说明。也测试了这种可 能性。
[00111]第二个肽，“肽B”的电子密度包括SSB残基175-177， 它们完全被ExoISH3-样结构域结合(附图25F)。与肽-A位点一样， 肽B位点主要结合来自SSB-Ct的Phe177，将它的侧链锚定在疏水性 口袋(由残基Trp245、Leu264和Cys330组成)中，在与ExoI的Arg327 形成的表观离子键中结合它的α羧基氧。ExoI残基Leu331、Leu334 和Pro338接触肽B的更为N-末端的区域。由于先前的溶液研究表明 ExoI/SSB复合物是化学当量的(Genscheletal.，2000，Biol.Chem.381： 183-192)，找到与单个ExoI单体的表面结合的两种肽是意料之外的。 此外，由于肽A在晶格中位于对称地相关的ExoI分子之间，存在着 很大的可能性是，晶体包装可能影响复合物的结构。这种结构因而被 用于起始点，来设计实验，所述实验评估每个位点中的ExoI残基对 SSB结合和酶刺激的作用。
溶液SSB-Ct结合研究定义了ExoI/SSB复合物的重要特征
[00112]为了检查溶液中的ExoI/SSB-Ct复合物形成，开发了测 量ExoI与荧光素标记的SSB-Ct肽(F-SSB-Ct)的结合的平衡荧光各 向异性分析。在该分析中，ExoI以136+/-11nM的表观平衡离解常数 (Kd，app)结合F-SSB-Ct(图26A)。这种结合与PriA和RecQ的SSB-Ct 肽结合所观察的相比有更高的亲和力，PriA和RecQ以各自2和6mM 的Kd，app值缔合。为了测试这种相互作用是否是特异性的，检查了ExoI 与两种对照肽的结合。第一种“F-P176S”将F-SSB-Ct序列中倒数第 二的Pro残基改变为Ser，其模拟了充分研究了的ssb113突变，所述 突变由于在它与细胞的DNA复制机制的相互作用方面的缺陷而导致 受损的细胞生长。第二种对照肽“F-mixed”随机地混合了F-SSB-Ct 中残基的排列。ExoI与两种对照肽的结合相对于F-SSB-Ct肽是最小 的(附图26A)。对于PriA和RecQ的SSB-Ct肽结合观察到类似的 特异性。这些结果表明，在溶液中ExoI与F-SSB-Ct肽特异性地相互 作用，其与在竞争实验中检查ExoI与SSB衍生肽的结合的早先的研 究是相符的(Lecointeetal.，2007，EMBOJ.26：4239-4251)。
[00113]创造了ExoI变体组，其中形成肽A(Arg148、Tyr207、 Gln311和Arg316)或肽B(Arg327和Leu331)结合位点的表面暴露 的残基被分别地突变为丙氨酸来评估两个位点对SSB-Ct结合的贡献。 产生另外的Ala变体来测试在ExoI上凸出的“碱性脊”(Lys227和 Arg338)以及在存在SSB-Ct肽的情况下结合Mg2+的ExoI残基 (Glu150、Glu318和Asp319)是否在F-SSB-Ct结合中起作用。最后， 还产生了改变来自螺旋结构域的残基(Gln448和Gln452)的Ala变 体，所述残基介导晶体结构中与肽A的蛋白质间接触。纯化每种ExoI 变体并测试与F-SSB-Ct肽的结合。变体的远UV圆二色光谱与野生型 ExoI是不可区分的，表明突变不显著地改变变体的二级结构。
[00114]三种肽-A-位点变体显示了显著降低的F-SSB-Ct结合(附 图26B和表10)。Arg148、Tyr207和Arg316Ala变体结合肽是野生 型ExoI的～1/10到1/100，Arg148变体展现了最差的结合。Kd，app值 不能从这些变体中得出，因为肽结合在所测试的最高酶浓度(10μM) 下不是饱和的。相对于野生型ExoI，Gln311变体导致更为中度的2 倍结合缺损。与肽-A-位点变体相比，肽-B-位点变体不具有可测量的 F-SSB-Ct结合缺损(附图26C)。考虑到它们与肽B的Phe177的直 接接触，以及由肽-A-结合位点中类似突变所显示的强的缺损，这是令 人惊讶的。
[00115]另外的变体被用于测试碱性脊、Mg2+结合和螺旋结构域 表面在溶液中结合F-SSB-Ct肽方面的作用(附图26D)。碱性脊变体 具有肽结合方面显著的缺损。ExoILys227和Arg338变体分别具有7 和3倍的结合缺损。这些结果表明ExoI碱性脊在SSB-Ct结合方面的 显著作用。相对于野生型ExoI，两种Mg2+结合变体具有2倍增强的 结合(Glu150和Glu318)，而Asp319变体具有2倍结合缺损。不希 望受到以下理论的限制，这些适中的影响表明，在晶体结构中观察到 的Mg2+结合可能是结晶条件中金属的高浓度的结果，而不反映Mg2+ 在SSB/ExoI复合物形成方面的主要作用。Gln448和Gln452变体的 F-SSB-Ct结合与野生型ExoI的结合是无法区别的，表明它们在晶体 结构中与SSB-Ct肽的缔合是由于它们通过晶体包装而与肽接近，但 是它们在溶液中在SSB-Ct结合方面不起作用(附图29)。
ExoI/SSB复合物形成对于ExoI活性的SSB刺激是必需的
[00116]早期的研究显示了，大肠杆菌SSB刺激ExoI核酸酶活 性，这两种蛋白质物理上相互作用。然而，尚没有测试ExoI/SSB复 合物形成是否是这种刺激所需的。为了检查这一点，开发了核酸酶分 析，其中放射性标记的ssDNA底物的水解作用在一反应中由ExoI催 化，所述反应可以随着添加SSB被刺激～4倍(附图27A)。SSB刺 激平台(plateaus)期处在200nMSSB，这是用SSB饱和ssDNA所需 的浓度。
[00117]为了评估与SSB的缔合是否是ExoI刺激所必需的，将两 种SSB变体代入分析中。第一种，SSB113是良好表征的大肠杆菌SSB 变体，具有显著降低的ExoI结合亲和力，但是具有野生型ssDNA结 合特性，第二种，SSB-mixed是具有混合的C-末端序列的变体，所述 序列与F-mixed肽中使用的序列匹配。与野生型SSB相比，SSB113 提供了大大地降低的刺激(＜2倍)，而SSB-mixed完全不能刺激ExoI 活性(附图27A)。这些结果支持了ExoI/SSB相互作用对于SSB刺 激是关键的的观点。为了测试与SSB-Ct元件单独的结合是否足以刺 激ExoI活性，将SSB-Ct肽滴定到ExoI分析中。甚至在大大高于结 合酶的Kd，app的浓度下，肽没有对ExoI核酸酶活性的明显影响(附图 27A)。结合起来，这些数据相符于SSB-Ct/ExoI复合物形成对于ExoI 活性的SSB刺激是必需的、但不是充分的。
[00118]还测试了Ala取代对SSB刺激的ExoI核酸酶活性的影 响。如果SSB通过将酶募集到它的底物上来刺激ExoI，则对于结合 SSB-Ct肽有缺陷的ExoI变体将在SSB刺激的活性方面并行地有缺陷。 肽-A-位点和肽-B-位点变体非常好地匹配这种预测。两种肽-A-位点变 体(Arg148和Tyr207)看起来不受到添加SSB的影响，在所有测试 的SSB浓度下维持核酸酶活性的野生型水平(附图27B)；这些变体 在ExoI突变蛋白质组中还具有最弱的F-SSB-Ct结合(附图26B)。 第三种肽-A-位点变体Arg316相对于野生型ExoI具有显著降低的SSB 依赖性活性(＜2倍的由SSB的增强)。如同Arg148和Tyr207变体 一样，Arg316变体也具有受损的F-SSB-Ct结合亲和力，虽然与先前 变体相比它看起来以更高的亲和力结合(附图26B)。最后，相对于 野生型ExoI，Gln311变体仅具有适度地降低的SSB刺激，这与它对 F-SSB-Ct肽的亲和力方面适度的降低是平行的。根据这些发现可以预 测的是，不改变溶液中的F-SSB-Ct结合的肽-B-位点和螺旋结构域变体， 也具有野生型SSB依赖性核酸酶活性(附图27C和附图29)。
[00119]还测试了碱性脊和Mg2+结合ExoI变体的SSB依赖性核 酸酶活性。碱性脊变体(Lys227和Arg338)具有F-SSB-Ct结合方面 的缺陷，类似地具有降低的SSB刺激(附图27D)。这些结果确认了 碱性脊对于与SSB的协调活性(coordinatedactivity)的重要性。两种 Mg2+结合变体(Glu318和Asp319)具有SSB刺激的核酸酶活性的野 生型水平，而第三种(Glu150)具有固有(SSB-独立性)和SSB依赖 性活性的适中地升高的水平。虽然Glu150变体的最大SSB刺激的活 性超过了野生型ExoI的，SSB的刺激倍数与野生型酶是相同的。因 而，Glu150和Glu318变体的～2倍的F-SSB-Ct结合亲和力不会引起 核酸酶活性的增强的SSB刺激。
[00120]与大肠杆菌SSB的C-末端肽结合的大肠杆菌核酸外切酶 I的晶体结构的原子坐标已经保存在蛋白质数据库，登记号3C94。结 合SSB并且在结合时具有晶体结构的原核核酸外切酶可以用于实践 本发明，所述晶体结构的模型基本上代表了以登记号3C94保存在蛋 白质数据库中的模型中指定的原子坐标。同样，结合原核核酸外切酶、 并且在结合时具有晶体结构的SSB可以用于实践本发明，所述晶体结 构的模型基本上代表了以登记号3C94保存在蛋白质数据库中的模型 中指定的原子坐标。
[00121]附图25说明了大肠杆菌ExoI/SSB-Ct复合物的结构。附 图25(A)：大肠杆菌ExoI和SSB的结构特征的示意图(ExoI：核 酸外切酶结构域；SH3-样结构域和螺旋结构域；SSB：寡核苷酸结合 (OB)结构域随后是～60个无序的C-末端残基)。柱形图以同一性百 分比描绘了在284种细菌SSB蛋白质之中SSBC-末端(SSB-Ct)序 列的进化保守性。附图25(B)：与两个SSB-Ct肽结合的ExoI的带 状图。点线代表未观察到电子密度的片段。附图25(C)：描绘了与 ExoI结合的两个SSB-Ct肽(A和B)的结合位点的表面呈示。标记 了选定的ExoI残基。附图25(D)：对正电和负电势建模的(C)中 的表面呈示。附图25(E和F)：肽-A和肽-B位点的详图。apoExoI 的Arg316侧链是重叠的。
[00122]附图26说明了平衡结合突出了肽-A-结合位点和碱性脊 在SSB-Ct结合中的作用。附图26(A-D)：由荧光各向异性所监测 的，F-SSB-Ct(或肽变体)与ExoI(或Ala变体)缔合的平衡结合等 温线。所有数据点是三个实验的平均值。误差条是偏离平均值的标准 偏差。附图26(A)：F-SSB-Ct、F-P176S和F-mixedExoI结合等温 线。附图26(B)：肽-A-位点ExoI变体(R148A、Y207A、Q311A 和R316A)的F-SSB-Ct结合。附图26(C)：肽-B-位点ExoI变体(L331A、 R327A)的F-SSB-Ct结合。附图26(D)：碱性脊(K227A，R338A) 和Mg2+结合位点(E150A，E318A，D319A)ExoI变体的F-SSB-Ct 结合。(E)ExoI变体F-SSB-Ct结合的概述。相对于野生型ExoI在 F-SSB-Ct结合亲和力方面观察到的倍数变化是＜1倍结合变化(更高 亲和力)、1-2倍、＞2-5倍和＞5倍。
[00123]附图27说明了ExoI/SSB物理相互作用对ExoI活性的 SSB刺激是如何必需的。附图27(A-D)：ExoI比活性标绘为SSB(或 SSB变体)的函数。数据点是三个实验的平均值。误差线是偏离平均 值的标准偏差。为了清楚，显示了趋势线。附图27(A)：ExoI对ssDNA 的活性通过添加SSB而非单独的SSB-Ct肽被刺激～4倍。SSB-Ct肽变 体适中地刺激(SSB113)，或对(SSB-mixed)ExoI活性没有影响。 附图27(B)：肽-A-位点ExoI变体核酸酶活性的SSB依赖性(R148A、 Y207A、Q311A和R316A)。附图27(C)：肽-B-位点ExoI变体核 酸酶活性的SSB依赖性(L331A、R327A)。附图27(D)：碱性脊 (K227A、R338A)和Mg2+结合位点(E150A、E318A、D319A)ExoI 变体核酸酶活性的SSB依赖性。附图27(E)：ExoI变体核酸酶活性 的SSB依赖性的概述。
[00124]附图28是显示SSB-Ct肽A和B的Fo-Fc省略电子密度 图(在2.8σ画轮廓)的立体图。
[00125]附图29说明了来自与SSB-Ct肽A缔合的ExoI螺旋结构 域的两个谷氨酰胺残基的结晶缔合性。附图29(A)：在晶格中经由 来自ExoI螺旋结构域的两个Gln残基(Gln448和Gln452)，SSB-Ct 肽A与对称地相关的ExoI分子(以带状形式显示)缔合。附图29(B)： 晶格中Gln介导的相互作用的特写立体图。附图29(C)：Gln448和 Gln452Ala变体没有明显的F-SSB-Ct结合缺陷(Q448A、Q452A)。 附图29(D)：Gln448和Gln452Ala变体具有野生型SSB依赖性核 酸酶活性(Q448A、Q452A)。
[00126]附图30说明了ExoISSB-Ct结合位点(A)与大肠杆菌 RecQ翼侧螺旋结构域(B)的表面上的位点的相似性。RecQ翼侧螺 旋结构域结合SSB-Ct元件，但是没有描述结合位点。具有与 ExoI/SSB-Ct结合中所涉及的那些的类似静电特征的RecQ结构域上的 区域在(B)中是高亮的。
[00127]表6显示了与在根据本发明的筛选中鉴定的化合物9结 合的大肠杆菌ExoI的晶体结构的坐标。结合原核核酸外切酶、并具 有晶体结构的化合物可以用于实践本发明，所述晶体结构的模型基本 上代表了表6中指定的原子坐标。
表6.与化合物9结合的大肠杆菌ExoI的晶体结构的坐标
标题----XX-XXX-XXxxxx
化合物---
备注3
备注3精细化
备注3程序：REFMAC5.2.0019
备注3作者：MURSHUDOV，VAGIN，DODSON
备注3
备注3精细化目标：最大似然
备注3
备注3精细化中使用的数据.
备注3分辨率范围高值(埃)：1.55
备注3分辨率范围低值(埃)：19.87
备注3数据截断值(SIGMA(F))：无
备注3范围的完整性(％)：92.76
备注3反射的数目：68041
备注3
备注3拟合于精细化中使用的数据.
备注3交叉验证方法：全部
备注3自由R值测试集选择：随机
备注3R值(工作+测试集)：0.21370
备注3R值(工作集)：0.21267
备注3自由R值：0.23374
备注3自由R值测试集大小(％)：5.0
备注3自由R值测试集计数：3592
备注3
备注3装入(fitin)最高分辨率仓(bin)
备注3使用的仓的总数：20
备注3仓分辨率范围高值：1.550
备注3仓分辨率范围低值：1.590
备注3仓中的反射(工作集)：4542
备注3仓完整性(工作+测试)(％)：85.08
备注3仓R值(工作集)：0.268
备注3仓自由R值集计数：253
备注3仓自由R值：0.320
备注3
备注3精细化中使用的非氢原子的数量.
备注3所有原子：4220
备注3
备注3B值.
备注3来自WILSONPLOT(A＊＊2)：零
备注3平均B值(总体，A＊＊2)：24.107
备注3总体各向异性B值
备注3B11(A＊＊2)：0.01
备注3B22(A＊＊2)：0.00
备注3B33(A＊＊2)：0.00
备注3B12(A＊＊2)：0.00
备注3B13(A＊＊2)：0.00
备注3B23(A＊＊2)：0.00
备注3
备注3估计的总体坐标误差
备注3基于R值的ESU(A)：0.099
备注3基于自由R值的ESU(A)：0.094
备注3基于最大似然的ESU(A)：0.059
备注3基于最大似然的B值的ESU(A＊＊2)：3.239
备注3
备注3相关系数.
备注3相关系数F0-FC：0.954
备注3相关系数F0-FC自由：0.935
备注3
备注3理想值的RMS偏离计数RMS权重
备注3键长精细化的原子(A)：3737；0.008；0.022
备注3键角精细化的原子(程度)：5084；1.038；1.951
备注3扭转角，1期(程度)：442；5.149；5.000
备注3扭转角，2期(程度)：197；32.714；23.858
备注3扭转角，3期(程度)：606；11.915；15.000
备注3扭转角，4期(程度)：30；12.440；15.000
备注3手性中心局限(A＊＊3)：545；0.057；0.200
备注3一般平面精细化的原子(A)：2920；0.003；0.020
备注3非键接触精细化的原子(A)：1836；0.196；0.200
备注3非键扭转精细化的原子(A)：2568；0.303；0.200
备注3H-键(X…Y)精细化的原子(A)：468；0.136；0.200
备注3潜在的金属离子精细化的原子(A)：2；0.017；0.200
备注3对称VDW精细化的原子(A)：39；0.225；0.200
备注3对称H-键精细化的原子(A)：27；0.225；0.200
备注3
备注3同向性的热学因素局限.计数RMS权重
备注3主链键精细化的原子(A＊＊2)：2305；0.433；1.500
备注3主链角度精细化的原子(A＊＊2)：3608；0.664；2.000
备注3侧链键精细化的原子(A＊＊2)：1709；1.021；3.000
备注3侧链角度精细化的原子(A＊＊2)：1476；1.651；4.500
备注3
备注3NCS局限统计
备注3NCS群的数量：零
备注3
备注3
备注3TLS细节
备注3TLS群的数量：3
备注3原子记录仅含有残留的B因素
备注3
备注3TLS群：1
备注3组件群的数量：1
备注3组件CSSSEQITOCSSSEQI
备注3残基范围A1A201
备注3群的起源(A)：30.611726.445831.1155
备注3T张量
备注3T11：-0.0145T22：-0.0126
备注3T33：0.0000T12：-0.0097
备注3T13：0.0041T23：-0.0023
备注3L张量
备注3L11：0.1747L22：0.2763
备注3L33：0.5243L12：-0.0803
备注3L13：0.1528L23：-0.2242
备注3S张量
备注3S11：0.0196S12：0.0055S13：0.0154
备注3S21：-0.0690S22：0.0139S23：-0.0222
备注3S31：-0.0123S32：0.0319S33：-0.0335
备注3
备注3TLS群：2
备注3组件群的数量：1
备注3组件CSSSEQITOCSSSEQI
备注3残基范围：A202A354
备注3群的起源(A)：25.17474.736046.6329
备注3T张量
备注3T11：-0.0578T22：-0.0315
备注3T33：-0.0114T12：-0.0002
备注3T13：0.0088T23：0.0016
备注3L张量
备注3L11：0.6486L22：1.1345
备注3L33：0.9027L12：0.2886
备注3L13：-0.1969L23：-0.1079
备注3S张量
备注3S11：-0.0401S12：0.0041S13：-0.0065
备注3S21：-0.0122S22：0.0400S23：0.1062
备注3S31：0.0979S32：-0.0452S33：0.0001
备注3
备注3TLS群：3
备注3组件群的数量：1
备注3组件CSSSEQITOCSSSEQI
备注3残基范围：A355A477
备注3群的起源(A)：12.682327.687816.5653
备注3T张量
备注3T11：-0.0330T22：-0.0129
备注3T33：-0.0882T12：-0.0147
备注3T13：-0.0325T23：0.0227
备注3L张量
备注3L11：0.5669L22：1.2815
备注3L33：1.0851L12：0.0040
备注3L13：-0.1252L23：0.5280
备注3S张量
备注3S11：0.0297S12：0.0777S13：-0.0305
备注3S21：-0.1022S22：-0.0153S23：0.1608
备注3S31：-0.0144S32：-0.1499S33：-0.0145
备注3
备注3
备注3批量溶剂建模.
备注3使用的方法：BABINETMODELWITHMASK
备注3掩码计算的参数
备注3VDW探针半径：1.20
备注3I0N探针半径：0.80
备注3收缩半径：0.80
备注3
备注3其他精细化备注：无
备注3
CISPEP1HISA177SERA1780.00
LINKSERA178ASPA182gap
LINKARGA280ALAA295gap
LINKGLUA353SERA360gap
CRYST153.82391.966106.28090.0090.0090.00P212121
SCALE10.0185790.0000000.0000000.00000
SCALE20.0000000.0108740.0000000.00000
SCALE30.0000000.0000000.0094090.00000
原子1NGLNA750.55715.75920.3151.0027.46N
原子2CAGLNA749.45016.55120.9241.0027.31C
原子3CBGLNA748.09215.99020.4891.0027.52C
原子4CGGLNA746.88416.84820.8881.0028.40C
原子5CDGLNA746.60117.98419.9111.0029.59C
原子6OE1GLNA747.38918.25819.0021.0030.56O
原子7NE2GLNA745.46718.64920.0981.0029.83N
原子8CGLNA749.55816.55322.4481.0026.84C
原子9OGLNA749.74315.50323.0701.0027.02O
原子10NGLNA849.45017.73923.0411.0026.18N
原子11CAGLNA849.48317.87924.4951.0025.51C
原子12CBGLNA850.19319.17524.9021.0025.77C
原子13CGGLNA849.47920.45224.4631.0026.77C
原子14CDGLNA850.02321.69725.1341.0027.43C
原子15OE1GLNA850.79321.61826.0971.0029.46O
原子16NE2GLNA849.61622.86224.6331.0029.00N
原子17CGLNA848.07617.84525.0811.0024.47C
原子18OGLNA847.10418.22024.4161.0024.29O
原子19NSERA947.97417.39026.3271.0023.25N
原子20CASERA946.70817.40927.0511.0022.05C
原子21CBSERA946.78616.52828.2991.0022.13C
原子22OGSERA947.03115.17527.9531.0022.89O
原子23CSERA946.35518.84127.4361.0021.07C
原子24OSERA947.19419.58027.9611.0020.89O
原子25NTHRA1045.11819.23827.1511.0019.73N
原子26CATHRA1044.65820.58327.4801.0018.69C
原子27CBTHRA1044.56921.49326.2241.0018.74C
原子28OG1THRA1043.60820.96225.3051.0018.51O
原子29CG2THRA1045.92921.61325.5331.0018.94C
原子30CTHRA1043.30020.55728.1681.0017.97C
原子31OTHRA1042.58319.55728.1111.0017.87O
原子32NPHEA1142.97321.66028.8361.0016.92N
原子33CAPHEA1141.63821.89029.3711.0016.34C
原子34CBPHEA1141.71622.33930.8301.0016.30C
原子35CGPHEA1142.15621.26531.7771.0016.20C
原子36CD1PHEA1141.22120.42632.3761.0016.26C
原子37CE1PHEA1141.61919.43133.2611.0016.26C
原子38CZPHEA1142.96519.26633.5611.0017.12C
原子39CE2PHEA1143.91120.10132.9731.0017.27C
原子40CD2PHEA1143.50321.09732.0881.0017.00C
原子41CPHEA1140.95922.97428.5591.0015.81C
原子42OPHEA1141.58123.97828.2091.0015.67O
原子43NLEUA1239.68422.77528.2551.0015.13N
原子44CALEUA1238.88323.83727.6731.0014.78C
原子45CBLEUA1238.30723.42926.3151.0014.84C
原子46CGLEUA1237.59224.53525.5251.0015.52C
原子47CD1LEUA1238.56725.62925.0821.0016.05C
原子48CD2LEUA1236.86323.96224.3331.0015.62C
原子49CLEUA1237.77824.22128.6371.0014.29C
原子50OLEUA1236.76323.53028.7431.0014.07O
原子51NPHEA1338.01325.30429.3691.0014.01N
原子52CAPHEA1337.02225.86930.2701.0013.80C
原子53CBPHEA1337.69426.80731.2741.0013.63C
原子54CGPHEA1338.57026.10432.2831.0013.27C
原子55CD1PHEA1338.07825.78433.5481.0013.35C
原子56CE1PHEA1338.88525.14434.4891.0012.71C
原子57CZPHEA1340.20424.82034.1661.0012.95C
原子58CE2PHEA1340.70825.14032.9111.0012.37C
原子59CD2PHEA1339.89225.77731.9751.0012.95C
原子60CPHEA1336.01326.64429.4431.0013.88C
原子61OPHEA1336.39127.39628.5481.0014.05O
原子62NHISA1434.72926.45629.7341.0013.87N
原子63CAHISA1433.67827.11728.9651.0013.75C
原子64CBHISA1433.26926.25727.7671.0014.02C
原子65CGHISA1432.45525.06228.1451.0014.10C
原子66ND1HISA1431.10524.96827.8881.0015.76N
原子67CE1HISA1430.65123.81828.3501.0014.67C
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原子3989OW0HOHZ34717.11234.20852.8831.0045.69O
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原子4172OW0HOHZ54427.56426.87434.0401.0017.88O
原子4173OW0HOHZ5454.7935.59143.4271.0066.19O
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原子4177OW0HOHZ54935.215-5.17644.4761.0045.88O
原子4178OW0HOHZ55016.9284.22130.3561.0066.82O
原子4179OW0HOHZ55117.79745.29841.6291.0053.33O
原子4180OW0HOHZ55225.48341.41333.8161.0053.83O
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原子4210OW0HOHZ58429.25514.25327.7671.0060.96O
原子4211OW0HOHZ58642.3382.62960.9501.0055.14O
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原子4214OW0HOHZ58935.1873.48126.5661.0060.98O
原子4215OW0HOHZ59021.32545.25434.1331.0058.44O
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原子4217OW0HOHZ59330.29432.53455.9041.0052.54O
原子4218OW0HOHZ59422.96022.46141.6081.0057.35O
原子4219OW0HOHZ59535.66531.69655.6081.0062.87O
原子4220OW0HOHZ59613.449-11.47853.1201.0061.95O
[00128]表7显示了与在根据本发明的筛选中鉴定的化合物10结 合的大肠杆菌ExoI的晶体结构的坐标。结合原核核酸外切酶、并具 有晶体结构的化合物可以用子实践本发明，所述晶体结构的模型基本 上代表了表7中指定的原子坐标。
表7.与化合物10结合的大肠杆菌ExoI的晶体结构的坐标
备注WrittenbyO版本11.0.0
备注WedApr212：04：122008
CRYST152.67191.939103.08190.0090.0090.00
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原子3873OW0HOHZ21851.26625.88825.2631.0023.868
原子3874OW0HOHZ21936.5137.19656.5491.0027.668
原子3875OW0HOHZ22012.21318.42327.3091.0037.258
原子3876OW0HOHZ22132.2401.47462.1191.0053.648
原子3877OW0HOHZ22233.6748.52660.2201.0037.388
原子3878OW0HOHZ22321.18322.0125.0981.0047.518
原子3879OW0HOHZ22417.78033.3819.5631.0033.218
原子3880OW0HOHZ22532.48111.76963.0151.0053.068
原子3881OW0HOHZ22621.21110.09017.2701.0048.888
原子3882OW0HOHZ2273.41313.48625.7001.0057.938
原子3883OW0HOHZ22841.3727.52849.2591.0057.188
原子3884OW0HOHZ22944.09113.17215.9751.0048.728
原子3885OW0HOHZ23022.64945.18128.5561.0038.148
原子3886OW0HOHZ23132.31427.09354.6681.0034.778
原子3887OW0HOHZ232-2.29026.79420.6641.0042.858
原子3888OW0HOHZ23337.329-3.66439.8041.0035.898
原子3889OW0HOHZ2345.34032.7037.3141.0045.258
原子3890OW0HOHZ2352.33333.5442.9541.0035.138
原子3891OW0HOHZ23625.90013.08040.1721.0043.168
原子3892OW0HOHZ23719.13814.57649.2991.0042.798
原子3893OW0HOHZ23825.56726.47240.0311.0039.978
原子3894OW0HOHZ23917.546-9.98543.7621.0058.188
原子3895OW0HOHZ240-1.67229.07226.2861.0052.048
原子3896OW0HOHZ2416.09734.4319.5441.0038.918
原子3897OW0HOHZ24250.81222.72844.6641.0036.968
原子3898OW0HOHZ24345.96317.70132.6331.0034.098
原子3899OW0HOHZ24422.57115.88132.3011.0039.528
原子3900OW0HOHZ24529.46634.58649.6751.0030.298
原子3901OW0HOHZ246-0.09625.1844.1881.0030.658
原子3902OW0HOHZ24718.23839.48437.9981.0039.988
原子3903OW0HOHZ24823.71215.98461.4841.0044.498
原子3904OW0HOHZ24942.85117.44627.9261.0029.018
原子3905OW0HOHZ25021.80438.56412.2351.0049.418
原子3906OW0HOHZ25136.40339.59628.1261.0044.138
结束
[00129]表8说明了与细菌SSB的已知蛋白质相互作用的数量和 特性。
表8.与细菌SSB的蛋白质相互作用
SSB-相互作用蛋白质 需要SSB-Ct？ 参考文献 Chi(DNA聚合酶III) 是 Butlandetal.，2005，Vature433： 531-537 DNA聚合酶II 是 MolineuxandGefter，1974，Proc. Vatl.Acad.Sci.USA71： 3858-3862 DNA聚合酶V 是 Aradetal.，2008，J.Biol.Chem. 283：8274-8282 核酸外切酶I 是 Butlandetal.，2005，Nature433： 531-537 核酸外切酶IX 未知 Hodskinsonetal.，2007，Nucl. AcidsRes.35：4094-4102 PriA 是 Butlandetal.，2005，Vature433： 531-537 PriB 未知 Lowetal.，1982，J.Biol.257： 6242-6250 引发酶 是 Yuzhakovetal.，1999，Cell96：
153-163 RecG 未知 Butlandetal.，2005，Nature433： 531-537 RecJ 未知 Butlandetal.，2005，Nature433： 531-537 RecO 未知 Umezuetal.，1993，Proc.Vatl. Acad.Sci.90：3875-3879 RecQ 是 Butlandetal.，2005，Nature433： 531-537 拓扑异构酶III 未知 Butlandetal.，2005，Nature433： 531-537 尿嘧啶DNA糖基化 酶 是 Purnapatreetal.，1999，Nucl. AcidsRes.27：3487-3492
[00130]表9说明了结晶学数据集和结构精细化统计。
表9.结晶学数据集和结构精细化统计
*Rsym＝∑∑j|Ij-|/∑Ij，其中Ij是反射j的强度测量值，是 多重记录的反射的平均强度。
**R工作，自由＝∑||Fobs|-|Fcalc||/|Fobs|，其中工作和自由R因子分别利用工 作和自由反射集来计算。自由R反射(总数的5％)在整个精细化中 保持在一旁。
***注意对于apo-ExoI结构，几个侧链和一个环序列被建模在多个旋 转异构体/构象中；在原子已经建模在多个构象中的情况下，每个建模 的位置被计入蛋白质原子的数量(即，如果给定的原子在两个位置中 建模，在SI表9中它被计算为两个蛋白质原子而不是一个)。
[00131]表10显示了ExoI和变体的F-SSB-Ct结合的Kd，app值。
表10.ExoI和变体的F-SSB-Ct结合的Kd，app值。
蛋白质 ExoI中突变的残基的作 用 Kd，app(nM) ExoI 136+/-11 Arg148Ala 肽A结合 ＞＞1000 Tyr207Ala 肽A结合 ＞1000 Gln311Ala 肽A结合 304+/-14 Arg316Ala 侧翼于肽A ＞1000 Arg327Ala 肽B结合 270+/-22 Leu331Ala 肽B结合 193+/-3 Lys227Ala 碱性脊 ～1000
Arg338Ala 碱性脊 398+/-15 Glu150Ala Mg2+结合 72+/-1 Glu318Ala Mg2+结合 80+/-6 Asp319Ala Mg2+结合 299+/-8 Gln448Ala 螺旋结构域 181+/-25 Gln452Ala 螺旋结构域 212+/-6
拓扑异构酶III肽结合
[00132]进行拓扑异构酶III结合分析(附图24)来确定候选化 合物是否可以抑制大肠杆菌SSB的C-末端尾部与为已知的SSB结合 配偶体的其他蛋白质的结合。这样的结合配偶体之一是拓扑异构酶III (TopoIII)，与SSB的C-末端尾部相互作用的许多蛋白质之一 (Shereda，Bernstein，andKeck，未发表的观察结果)。如上文对ExoI 结合分析描述的，TopoIII被滴定到10nM荧光肽中。这种结合分析 的缓冲条件是：300mMNaCl，20mMTrispH8.0，10％甘油，1mM BME(Beta-巯基乙醇)和1％DMSO。使用的TopoIII的浓度在附图 24中的图上给出。在结合时各向异性方面的改变利用PanVeraBeacon 2000FP读取。
[00133]数据表明，在TopoIII/肽的情况下肽结合是弱得多的，使得 它难以精确地测定结合常数(Kd)。为了确定化合物是否对与TopoIII 的肽结合有影响，如上所述建立了类似的实验组，只是缓冲溶液中省略 了DMS0。未标记肽或各种化合物然后添加到100μM的终浓度。这 些化合物和未标记肽溶于DMS0中，它们的添加使得DMSO的终浓度 达到1％。
[00134]某些候选化合物能够抑制肽与TopoIII的结合，降低观察 到的各向异性值。如附图24所示，甚至是添加100μM未标记的肽 也不能使各向异性值降低到基线(没有荧光标记的肽的结合时预期的 值)。这是由于需要使用非常高浓度的TopoIII以观察结合。因而， 某些化合物例如10不仅能抑制荧光肽与ExoI的结合，还抑制与其他 已知的结合配偶体例如TopoIII的结合。因而，至少某些鉴定的抑制 物可以实际地抑制SSB的C-末端尾部与超过一种的它的结合配偶体、 而不仅仅是ExoI的结合。
哺乳动物细胞毒性
[00135]利用人类结肠直肠腺癌细胞体外地测试了鉴定的抗微生 物候选化合物的毒性。与革兰氏阳性细菌细胞或细胞壁受损的大肠杆 菌细胞相比，测试化合物对HT-29(人类结肠直肠腺癌)是显著地更 低毒性的。利用CellTiter-Glo细胞生存力分析(Promega，Madison， WI)测试了哺乳动物细胞。
[00136]根据这个分析获得的数据，化合物3的IC50＞100μM， 化合物8的IC50＞100μM、化合物9的IC50＝38μM、化合物10的IC50 ＝60μM、化合物28、29、32和37都具有IC50＞100μM、化合物42 的IC50＝51μM，化合物46的IC50＝55μM。将这些数据与来自细菌 生长曲线的IC50比较，结论是化合物杀死细菌比杀死哺乳动物细胞更 为有效得多。
溶血
[00137]进行体外溶血实验来确定鉴定的药物候选物是否仅通过 引起细胞裂解来抑制细菌生长。鉴定的小分子与红细胞孵育，来查看 在1小时后细胞裂解的百分比。这些实验的结果在表11中显示。估 计的溶血数据是由于化合物在与血红素相同的波长下吸光时，或者如 果化合物沉淀时读取吸光度的难题。在这些情况下，难以定量吸光度 读数；然而，然后可以进行有多少细胞裂解的目视测定，其提供了细 胞裂解的估计。
表11.溶血实验的结果
抑制物 在给定浓度下的溶血％ 在给定浓度下的溶血％ 3 20％100μM 8 估计的0％200μM 估计的90％400uM 9 0％＞800μM 10 0％400μM 在800μM85％ 32 0％＞800μM 37 估计的0％800μM 28 0％＞800μM
29 0％＞800μM 31 0％＞800μM 46 0％＞800μM 42 0％＞800μM
[00138]要理解的是，本发明不限于所描述的特定的设备、方法、 方案、主题或试剂等，这些都可以变化。还需要理解的是，在此使用 的术语仅用于描述特定实施方式的目的，不意图限制性本发明的范 围，本发明的范围仅由权利要求限制。对于生物化学和药物化学领域 的技术人员显而易见的、各种条件和参数的其他适合的修改和适应， 处在本发明的范围之内。在此引用的所有出版物、专利和专利申请为 了各种目的、通过以它们的整体引用而合并在此。
序列表
<110>Keck，JamesL
Bernstein，DouglasA
<120>基因组维护接口的抗细菌药物靶向
<130>12854-77
<150>US60/931,411
<151>2007-05-22
<160>8
<170>PatentInversion3.5
<210>1
<211>537
<212>DNA
<213>大肠杆菌
<400>1
atggccagcagaggcgtaaacaaggttattctcgttggtaatctgggtcaggacccggaa60
gtacgctacatgccaaatggtggcgcagttgccaacattacgctggctacttccgaatcc120
tggcgtgataaagcgaccggcgagatgaaagaacagactgaatggcaccgcgttgtgctg180
ttcggcaaactggcagaagtggcgagcgaatatctgcgtaaaggttctcaggtttatatc240
gaaggtcagctgcgtacccgtaaatggaccgatcaatccggtcaggatcgctacaccaca300
gaagtcgtggtgaacgttggcggcaccatgcagatgctgggtggtcgtcagggtggtggc360
gctccggcaggtggcaatatcggtggtggtcagccgcagggcggttggggtcagcctcag420
cagccgcagggtggcaatcagttcagcggcggcgcgcagtctcgcccgcagcagtccgct480
ccggcagcgccgtctaacgagccgccgatggactttgatgatgacattccgttctga537
<210>2
<211>178
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>2
MetAlaSerArgGlyValAsnLysValIleLeuValGlyAsnLeuGly
151015
GlnAspProGluValArgTyrMetProAsnGlyGlyAlaValAlaAsn
202530
IleThrLeuAlaThrSerGluSerTrpArgAspLysAlaThrGlyGlu
354045
MetLysGluGlnThrGluTrpHisArgValValLeuPheGlyLysLeu
505560
AlaGluValAlaSerGluTyrLeuArgLysGlySerGlnValTyrIle
65707580
GluGlyGlnLeuArgThrArgLysTrpThrAspGlnSerGlyGlnAsp
859095
ArgTyrThrThrGluValValValAsnValGlyGlyThrMetGlnMet
100105110
LeuGlyGlyArgGlnGlyGlyGlyAlaProAlaGlyGlyAsnIleGly
115120125
GlyGlyGlnProGlnGlyGlyTrpGlyGlnProGlnGlnProGlnGly
130135140
GlyAsnGlnPheSerGlyGlyAlaGlnSerArgProGlnGlnSerAla
145150155160
ProAlaAlaProSerAsnGluProProMetAspPheAspAspAspIle
165170175
ProPhe
<210>3
<211>1427
<212>DNA
<213>大肠杆菌
<400>3
atgatgaatgacggtaagcaacaatctacctttttgtttcacgattacgaaacctttggc60
acgcaccccgcgttagatcgccctgcacagttcgcagccattcgcaccgatagcgaattc120
aatgtcatcggcgaacccgaagtcttttactgcaagcccgctgatgactatttaccccag180
ccaggagccgtattaattaccggtattaccccgcaggaagcacgggcgaaaggagaaaac240
gaagccgcgtttgccgcccgtattcactcgctttttaccgtaccgaagactgtattctgg300
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acgatccttacgcctggagctggcagcatgataactcgcgctgggatttactggatgtta420
tgcgtgcctgttatgccctgcgcccggaaggaataaactggcctgaaaatgatgacggtc480
taccgagctttcgccttgagcatttaaccaaagcgaatggtattgaacatagcaacgccc540
acgatgcgatggctgatgtgtacgccactattgcgatggcaaagctggtaaaaacgcgtc600
agccacgcctgtttgattatctctttacccatcgtaataaacacaaactgatggcgttga660
ttgatgttccgcagatgaaacccctggtgcacgtttccggaatgtttggagcatggcgcg720
gcaataccagctgggtggcaccgctggcgtggcatcctgaaaatcgcaatgccgtaatta780
tggtggatttggcaggagacatttcgccattactggaactggatagcgacacattgcgcg840
agcgtttatataccgcaaaaaccgatcttggcgataacgccgccgttccggttaagctgg900
tgcatatcaataaatgtccggtgctggcccaggcgaatacgctacgcccggaagatgccg960
accgactgggaattaatcgtcagcattgcctcgataacctgaaaattctgcgtgaaaatc1020
cgcaagtgcgcgaaaaagtggtggcgatattcgcggaagccgaaccgtttacgccttcag1080
ataacgtggatgcacagctttataacggctttttcagtgacgcagatcgtgcagcaatga1140
aaattgtgctggaaaccgagccgcgtaatttaccggcactggatatcacttttgttgata1200
aacggattgaaaagctgttgttcaattatcgggcacgcaacttcccggggacgctggatt1260
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tggcgctgttaaaagcactttggcagtacgcggaagagattgtctaa1427
<210>4
<211>475
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>4
MetMetAsnAspGlyLysGlnGlnSerThrPheLeuPheHisAspTyr
151015
GluThrPheGlyThrHisProAlaLeuAspArgProAlaGlnPheAla
202530
AlaIleArgThrAspSerGluPheAsnValIleGlyGluProGluVal
354045
PheTyrCysLysProAlaAspAspTyrLeuProGlnProGlyAlaVal
505560
LeuIleThrGlyIleThrProGlnGluAlaArgAlaLysGlyGluAsn
65707580
GluAlaAlaPheAlaAlaArgIleHisSerLeuPheThrValProLys
859095
ThrCysIleLeuGlyTyrAsnAsnValArgPheAspAspGluValThr
100105110
ArgAsnIlePheTyrArgAsnPheTyrAspProTyrAlaTrpSerTrp
115120125
GlnHisAspAsnSerArgTrpAspLeuLeuAspValMetArgAlaCys
130135140
TyrAlaLeuArgProGluGlyIleAsnTrpProGluAsnAspAspGly
145150155160
LeuProSerPheArgLeuGluHisLeuThrLysAlaAsnGlyIleGlu
165170175
HisSerAsnAlaHisAspAlaMetAlaAspValTyrAlaThrIleAla
180185190
MetAlaLysLeuValLysThrArgGlnProArgLeuPheAspTyrLeu
195200205
PheThrHisArgAsnLysHisLysLeuMetAlaLeuIleAspValPro
210215220
GlnMetLysProLeuValHisValSerGlyMetPheGlyAlaTrpArg
225230235240
GlyAsnThrSerTrpValAlaProLeuAlaTrpHisProGluAsnArg
245250255
AsnAlaValIleMetValAspLeuAlaGlyAspIleSerProLeuLeu
260265270
GluLeuAspSerAspThrLeuArgGluArgLeuTyrThrAlaLysThr
275280285
AspLeuGlyAspAsnAlaAlaValProValLysLeuValHisIleAsn
290295300
LysCysProValLeuAlaGlnAlaAsnThrLeuArgProGluAspAla
305310315320
AspArgLeuGlyIleAsnArgGlnHisCysLeuAspAsnLeuLysIle
325330335
LeuArgGluAsnProGlnValArgGluLysValValAlaIlePheAla
340345350
GluAlaGluProPheThrProSerAspAsnValAspAlaGlnLeuTyr
355360365
AsnGlyPhePheSerAspAlaAspArgAlaAlaMetLysIleValLeu
370375380
GluThrGluProArgAsnLeuProAlaLeuAspIleThrPheValAsp
385390395400
LysArgIleGluLysLeuLeuPheAsnTyrArgAlaArgAsnPhePro
405410415
GlyThrLeuAspTyrAlaGluGlnGlnArgTrpLeuGluHisArgArg
420425430
GlnValPheThrProGluPheLeuGlnGlyTyrAlaAspGluLeuGln
435440445
MetLeuValGlnGlnTyrAlaAspAspLysGluLysValAlaLeuLeu
450455460
LysAlaLeuTrpGlnTyrAlaGluGluIleVal
465470475
<210>5
<211>4
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>5
AspIleProPhe
1
<210>6
<211>10
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>6
TrpMetAspPheAspAspAspIleProPhe
1510
<210>7
<211>6
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>7
TrpAspAspIleProPhe
15
<210>8
<211>10
<212>PRT
<213>大肠杆菌
<400>8
TrpAspPheMetAspAspProPheIleAsp
1510
